合同甲方未签字但是有盖章，合同在大多数情况下是有效的，但也存在特殊无效情形。以下是对此问题的详细分析：

一、一般原则及法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这一条款明确了签字、盖章或按指印具有同等的法律效力，因此，在合同上仅盖章而未签字，通常也能使合同成立并生效。盖章行为被视为法人对合同内容的确认和认可，是其表达意思的一种重要方式。

二、有效情形

1. 法定效力：如前述法律规定，盖章是合同成立的有效方式之一，无需额外签字。只要盖章真实有效，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同即具有法律效力。
2. 实际履行：即使合同未签字，但如果一方已经履行了主要义务且对方接受，该合同依然成立并生效。例如，乙方已经按照合同约定交付了货物，甲方也接受了货物，那么即使甲方未在合同上签字，合同仍然有效。

三、特殊无效情形

然而，也存在一些特殊情况，可能导致仅盖章的合同无效：

1. 印章问题：

   • 如果印章是伪造的、被盗用的，或者盖章过程存在欺诈、胁迫等违法违规情形，合同效力将受影响。例如，一方非法获取对方印章并在合同上盖章，而对方对此并不知情，这种情况下合同可能无效。

2. 合同约定：

   • 如果合同中明确规定了签字与盖章缺一不可，那么仅盖章的合同将无效。相反，如果合同中约定了盖章即代表合同成立并生效，或者根据交易习惯、行业惯例可以如此认定，那么仅盖章的合同通常是有效的。

3. 其他法定事由：

   • 合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，违背公序良俗，或者存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等情形，合同也可能被认定为无效。例如，涉及非法买卖限制流通物的合同，即使盖章了也会因违反法律而无效。

四、综合判断与建议

在判断合同甲方未签字但是有盖章是否有效时，需要综合考虑合同条款、交易习惯、行业惯例、实际履行情况以及相关法律法规等因素。为避免不必要的纠纷，建议在签订合同时双方明确约定合同的成立和生效条件，并确保所有相关手续（包括签字、盖章等）的合法性和完整性。如果对合同效力存在疑问，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。

综上所述，合同甲方未签字但是有盖章，合同在大多数情况下是有效的，但也存在特殊无效情形。在具体案件中应仔细分析相关因素，以准确判断合同的效力。