合同双方有盖章但一方未签字，合同是否有效需分情况讨论。在一般情况下，只要合同内容合法且双方盖章行为真实有效，合同通常是有效的；但在特殊情况下，如合同有特别约定或涉及特定类型的合同，仅盖章未签字可能不足以使合同生效。以下是对此问题的详细分析：
一、一般情况下的有效性
法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，签字、盖章或按指印都是合同成立的合法方式，具有同等的法律效力。因此，在一般情况下，只要合同双方都进行了盖章（或签字、按指印），且合同内容不违反法律法规的强制性规定，合同就是有效的。
盖章的法律效力：在商业活动和法律事务中，印章具有特定的法律效力，被视为对合同条款的认可，并愿意受合同约束的表示。因此，当一方在合同上盖章时，其效果等同于签字或按指印，除非有相反证据或特殊约定。
二、特殊情况下的考虑
合同特别约定：如果合同中明确约定了必须同时签字并且盖章才生效，那么仅有盖章而没有签字，合同是不生效的。这是因为双方已经通过合同条款限定了合同生效的具体条件。在这种情况下，即使双方都进行了盖章，但只要有一方未签字，合同就不满足生效条件。
特定类型的合同：在一些特殊合同中，如涉及自然人主体较多且合同明确要求签字确认的（如个人借款合同、赠与合同等），盖章可能无法替代签字。在这种情况下，仅盖章可能不足以使合同产生法律效力。因为这类合同往往更注重个人意愿的真实表达，而签字是确认个人意愿的一种直接方式。
实际履行与接受：尽管合同未签字，但如果合同主要责任方已实际履行相应义务，并得到了利益相对方的确认和接受，那么该合同在实际操作中仍可能被判定为有效。这体现了法律对实际交易行为的尊重和保护。然而，这种情况并不改变合同生效的法定条件，而是在实际履行中形成了对合同效力的补充确认。
三、其他考虑因素
合同内容合法性：在判断合同效力时，首要考虑的是合同内容是否合法，是否违反法律法规的强制性规定或违背公序良俗。如果合同内容违法，那么无论是否签字或盖章，合同都是无效的。
双方真实意愿：双方是否对合同条款达成共识也是判断合同效力的关键因素。如果双方在签订合同时存在误解或欺诈行为，可能导致合同无效。因此，在签订合同时，双方应充分沟通并确保对合同条款的理解一致。
四、建议与实践指导
明确约定生效条件：为避免因签字或盖章问题引发不必要的争议，双方当事人在签订合同时应当明确约定合同的生效条件。这可以包括是否需要同时签字和盖章、是否需要办理登记手续等。
保留充分证据：对于实际履行行为或其他生效条件的成就，双方应保留充分的证据以备不时之需。这可以包括付款凭证、交货单、验收报告等。
咨询专业律师：在签订和履行合同过程中，如果遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和指导，帮助你更好地维护自己的合法权益。
综上所述，合同双方有盖章但一方未签字时，合同是否有效需根据具体情况综合判断。在签订合同时，双方应明确约定合同的生效条件并保留充分证据以备不时之需。如果有任何法律问题或疑虑，请随时向我咨询。