当公司面临员工在职期间提起劳动仲裁时，不必过于慌张，但必须积极、有序地应对。以下是从多个角度为你提供的详细应对策略：

一、初步响应与签收文书

1. 签收与审查：公司收到仲裁通知及相关文书后，应立即仔细查看，包括仲裁申请书副本、证据清单、开庭通知等。明确员工的诉求（如支付工资、经济补偿、加班费等）、依据及开庭时间、地点等关键信息。这是应对仲裁的第一步，也是后续所有工作的基础。

2. 初步沟通：在签收文书后，公司应主动与提出仲裁的员工进行初步沟通。了解其具体诉求和原因，尝试通过友好协商解决争议，避免仲裁程序的正式启动或进一步激化矛盾。

二、组建应对团队与收集证据

1. 组建团队：由法务人员牵头，联合人力资源部门相关人员及该员工的直属上级，共同组成应对团队。法务人员提供法律支持，人力资源部门提供人事资料，直属上级则提供工作表现评估等必要信息。

2. 证据收集：全面收集和整理相关证据，这是应对仲裁的关键。证据包括但不限于劳动合同、规章制度、工资支付记录、考勤记录、工作交接记录及沟通记录等。这些证据将用于证明公司的立场和行为的合法性。例如，如果员工主张未支付加班费，公司应提供考勤记录和工资支付记录来证明已支付或未加班的事实。

三、沟通与协商

1. 协商和解：在明确员工诉求的基础上，公司应尝试通过协商达成一致意见。如双方有和解意愿，可制定合理的和解方案，如支付一定的经济补偿、调整工作岗位等。和解可以节省时间和成本，避免进一步的法律纠纷。

2. 第三方调解：若协商无果，公司可寻求第三方调解组织的帮助，如企业劳动争议调解委员会或基层人民调解组织。这些组织具有中立性和专业性，能够更客观、公正地推动双方达成和解。

四、分析仲裁请求与制定应对策略

1. 分析请求：应对团队需共同研究员工的仲裁请求，结合收集到的证据进行深入分析。判断其合理性及法律依据，为后续的协商或抗辩打下基础。例如，如果员工主张违法解除劳动合同，公司应分析解除劳动合同的原因和程序是否合法。

2. 制定策略：根据分析结果，制定相应的应对策略。如公司确实存在过错，可考虑和解；如公司无过错，则应积极准备抗辩，确定答辩要点。答辩要点应针对员工的仲裁请求和理由进行反驳，并展示公司的证据。

五、撰写答辩书与参加仲裁庭审

1. 撰写答辩书：在规定时间内提交答辩书，清晰、有条理地阐述公司的观点和理由。答辩书应附上相关证据清单及说明，以便仲裁庭审查。答辩书的撰写应注重逻辑性和说服力，避免使用情绪化或攻击性的语言。

2. 参加庭审：提前安排好出庭人员，确保其熟悉案件情况、证据和答辩思路。在庭审中遵守纪律，按照仲裁员的指引进行陈述、答辩、举证、质证等环节。庭审是展示公司立场和证据的重要机会，出庭人员应做好充分准备。

六、加强人事管理与防范法律风险

1. 完善管理：公司应加强对员工的人事管理，确保签订书面劳动合同，并明确双方的权利和义务。同时，定期审查和更新人事管理制度，确保其符合相关法律法规要求。这有助于降低劳动争议和法律风险的发生概率。

2. 规范行为：公司应严格执行劳动相关法律法规，规范用工行为。例如，按时支付工资、提供劳动保护、合理安排工作时间等。这些行为不仅有助于维护员工的合法权益，也有助于提升公司的形象和声誉。

七、应对恶意仲裁与遵守仲裁裁决

1. 应对恶意仲裁：如认为员工存在恶意仲裁行为（如虚构事实、伪造证据等），公司应积极收集证据进行反驳，维护公司合法权益。恶意仲裁不仅损害公司的利益，也破坏劳动关系的和谐稳定。

2. 遵守裁决：仲裁裁决作出后，公司应严格遵守，按照裁决内容履行相关义务。如对裁决不服，可在法定期限内向人民法院提起诉讼。但在此之前，公司应确保已充分行使了仲裁程序中的权利，并收集了足够的证据来支持自己的主张。

公司在面对员工在职期间的劳动仲裁时，应秉持积极、主动的态度，通过沟通、协商、调解、抗辩等多种方式妥善处理纠纷。同时，加强人事管理和法律风险防范工作也是必不可少的。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。