结论：员工应有的休息时间如果被公司算作请假，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。

1. 法定休息日与年假：

   • 根据《劳动法》及相关规定，员工享有法定的休息日（如周末）和年假。这些休息时间是员工的合法权益，公司无权将其算作请假。如果公司这样做，显然是违法的。
   • 例子：假设员工每周工作5天，周末休息2天。如果公司要求员工在周末工作，并将这2天算作请假，那么公司的做法就是违法的。同样，如果员工享有年假，公司也不能将年假期间算作请假。

2. 调休与补休：

   • 在某些情况下，公司可能因为工作需要安排员工在休息日工作，但随后会安排调休或补休。这种情况下，虽然员工在休息日工作了，但公司通过调休或补休的方式保障了员工的休息权益，因此不算违法。
   • 例子：公司因业务繁忙安排员工在周末加班，但随后安排员工在工作日补休一天。这种情况下，员工的休息权益得到了保障，公司不算违法。

3. 请假制度与休息时间的区分：

   • 公司有权制定合理的请假制度，但请假制度应明确区分正常的休息时间和因个人原因需要请假的时间。如果公司混淆了这两者，将正常的休息时间也算作请假，那么公司的做法可能是违法的。
   • 建议：员工应仔细阅读公司的请假制度，了解哪些情况属于请假，哪些情况属于正常的休息时间。如果公司制度存在模糊或不合理之处，员工有权向公司提出质疑或寻求法律帮助。

4. 公司违法行为的后果：

   • 如果公司确实存在将员工应有的休息时间算作请假的违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。劳动监察部门或劳动仲裁机构将依法调查处理，维护员工的合法权益。
   • 法律后果：公司可能面临罚款、赔偿员工损失等法律后果。同时，公司的违法行为还可能影响其声誉和员工满意度，对公司的长期发展不利。

总结与建议：员工应有的休息时间如果被公司算作请假，是否违法需根据具体情况判断。员工应了解自己的休息权益和公司的请假制度，如果发现公司存在违法行为，应及时向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。同时，我也建议公司在制定请假制度时，应明确区分正常的休息时间和因个人原因需要请假的时间，以避免不必要的法律纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。