公司扣款不合理，你是可以申请劳动仲裁的。以下是我从多个角度为你详细分析的情况：
法律背景与依据
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果公司无故扣款，或者扣款的理由不合法、不合理，那么这种行为就违反了法律规定，劳动者有权通过法律途径来维护自己的合法权益。
具体情形分析
扣款理由不合法：
- 如果公司扣款的理由没有法律依据，比如以“罚款”为名随意扣减工资，或者因为劳动者提出合理诉求而进行报复性扣款，这些都是不合法的。在这种情况下，你可以申请劳动仲裁，要求公司返还被扣的款项，并可能获得相应的赔偿。
扣款数额不合理：
- 即使公司扣款有一定的理由，但如果扣款数额明显超过了合理范围，比如因为一次小错误就扣除了劳动者大半个月的工资，这种扣款也是不合理的。你同样可以申请劳动仲裁，要求公司调整扣款数额，并返还多扣的部分。
扣款程序不合法：
- 公司在扣款前，应当告知劳动者扣款的原因、数额和依据，并听取劳动者的陈述和申辩。如果公司没有履行这些程序，就直接扣款，那么这种扣款程序也是不合法的。你依然可以申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁的流程与建议
准备证据：
- 在申请劳动仲裁前，你需要收集并整理好相关证据，比如劳动合同、工资条、扣款通知等，以证明公司扣款的不合理性。
提交仲裁申请：
- 你可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁委员会会依法受理并审理你的案件。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，你需要积极参与，陈述自己的诉求和理由，并提供证据支持。仲裁委员会会根据双方提供的证据和法律规定，作出公正的裁决。
执行裁决结果：
- 如果仲裁委员会裁决公司返还被扣的款项或支付赔偿，公司应当履行裁决结果。如果公司不履行，你可以向人民法院申请强制执行。
建议：在处理这类纠纷时，我建议你先尝试与公司进行协商沟通，看是否能够达成和解。如果协商无果，再考虑申请劳动仲裁。同时，在整个过程中，你都要保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，随时都可以向我咨询。