法院作出与原告证据已证实事实不符的认定，这种情况虽然不常见，但确实有可能发生，主要原因可能包括以下几点：
证据的充分性与证明力问题：
- 尽管原告提供了证据，但法院在审查证据时，会综合考虑证据的充分性、真实性、合法性以及证据之间的关联性。如果原告提供的证据存在瑕疵，或者证据之间存在矛盾，法院可能无法形成确信，从而不采纳原告的主张。
- 例如，原告提供的书证可能因签名不真实、内容模糊等原因被法院质疑其真实性；或者原告提供的证人证言可能因证人未出庭作证、证言与其他证据相矛盾等原因被法院不予采信。
法律适用与事实认定的关系：
- 法院在审理案件时，不仅需要认定事实，还需要根据认定的事实适用相应的法律。有时候，即使原告提供的证据能够证明某些事实，但这些事实可能并不符合法律规定的构成要件，或者法院认为这些事实对案件的最终判决没有实质性影响。
- 例如，在合同纠纷中，原告可能提供了合同文本作为证据，证明双方存在合同关系。但如果法院认为该合同因违反法律强制性规定而无效，那么即使合同文本真实存在，法院也可能不会根据该合同作出对原告有利的判决。
法院的自由裁量权：
- 在某些情况下，法院在认定事实时享有一定的自由裁量权。这通常发生在证据不够充分或者存在多种解释的情况下。法院会根据案件的具体情况、双方的陈述和辩论以及社会公序良俗等因素，综合判断并作出认定。
- 例如，在侵权纠纷中，如果原告无法直接证明被告的行为与其损害结果之间存在因果关系，但法院根据常识和经验判断认为两者之间存在高度可能性，那么法院可能会认定被告存在过错并承担相应的赔偿责任。
程序性因素：
- 有时候，法院作出与事实不符的认定可能是由于程序性因素导致的。例如，原告可能未在规定的期限内提交证据，或者提交的证据未经过质证等程序性瑕疵，导致法院无法采纳这些证据。
- 另外，如果原告在诉讼过程中存在隐瞒事实、伪造证据等不诚信行为，法院也可能因此对其提供的证据产生怀疑，并作出不利于原告的认定。
针对这种情况，原告可以采取以下措施：
- 仔细审查证据：确保提供的证据充分、真实、合法，并且证据之间能够相互印证，形成完整的证据链。
- 了解法律适用：在提起诉讼前，充分了解相关法律规定和司法实践，确保自己的主张符合法律规定的构成要件。
- 积极参与诉讼程序：在诉讼过程中，积极参与庭审活动，充分陈述自己的观点和理由，并对对方提供的证据进行质证和反驳。
- 寻求专业帮助：如果自己对法律程序和证据规则不够了解，可以寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
最后，需要强调的是，法院在审理案件时始终遵循以事实为依据、以法律为准绳的原则。如果原告认为法院的认定与事实不符，可以通过上诉等法律途径寻求救济。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。