结论：在总价包干合同中，若桩长原定为5000米而实际施工仅为3000米，甲方是否有权扣除相应款项，这主要取决于合同的具体条款、实际施工情况以及双方协商的结果。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同条款的约定：
- 总价包干合同的性质：总价包干合同意味着合同双方已经就工程总价达成了一致，并且这个总价是固定的，不因工程量的增减而改变（除非合同中有特别约定）。因此，如果合同中明确规定了桩长为5000米，并且没有约定工程量减少时的价格调整机制，那么甲方可能无权直接扣除款项。
- 合同中的变更条款：然而，如果合同中包含了关于工程量变更的条款，比如规定了工程量减少到一定程度时，总价可以相应调整，那么甲方就有权根据这些条款来扣除相应的款项。
实际施工情况：
- 施工减少的原因：如果实际施工桩长减少是由于乙方的原因（如施工错误、材料不足等），那么甲方有权要求乙方承担相应的责任，包括扣除款项或要求乙方进行补救。
- 不可抗力或甲方原因：如果施工减少是由于不可抗力（如自然灾害）或甲方的原因（如设计变更、提供资料不准确等）导致的，那么乙方可能不承担全部责任，甲方也不能直接扣除款项，而应与乙方协商解决。
双方协商的结果：
- 协商的重要性：在处理此类纠纷时，双方协商是解决争议的重要途径。甲方和乙方可以就实际施工情况、合同条款以及各自的责任进行协商，以达成一个双方都能接受的解决方案。
- 协商的可能结果：协商的结果可能包括甲方扣除部分款项、乙方进行补救工作、双方共同承担损失等。具体结果取决于双方的谈判能力和合同条款的约定。
法律建议：
- 审查合同条款：首先，双方应仔细审查合同条款，特别是关于工程量变更和价格调整的条款，以确定甲方是否有权扣除款项。
- 收集证据：如果双方对施工减少的原因存在争议，那么应收集相关证据（如施工记录、设计变更通知等）来支持自己的主张。
- 协商解决：在收集证据和审查合同条款的基础上，双方应积极进行协商，以寻求一个公平合理的解决方案。
- 法律途径：如果协商无果，双方可以考虑通过法律途径来解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
可能后果：
- 如果甲方无权扣除款项而强行扣除，乙方有权要求甲方返还被扣除的款项，并可能要求甲方承担违约责任。
- 如果乙方确实存在责任导致施工减少，那么乙方可能需要承担相应的损失，包括被甲方扣除的款项或进行补救工作的费用。
总之，在处理此类纠纷时，应综合考虑合同条款、实际施工情况以及双方协商的结果，以寻求一个公平合理的解决方案。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。