结论：在总价包干合同中，若图纸标注为100米而实际施工为95米，是否需要扣减5米的费用，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据合同的具体条款、双方当事人的约定以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度进行的分析：

1. 合同条款的约定：

   • 明确约定：如果合同中明确规定了工程量与图纸不符时的处理方式，比如“工程量以实际发生为准，但总价不变”或“工程量与图纸不符时，按实际工程量结算”等，那么应直接按照合同约定执行。
   • 未明确约定：若合同中未明确约定工程量与图纸不符时的处理方式，则需要进一步分析合同的其他条款以及双方当事人的真实意图。

2. 双方当事人的真实意图：

   • 总价包干的理解：总价包干合同通常意味着承包人承担完成合同约定范围内的全部工作所需的费用，包括工程量增减的风险。如果双方当事人在签订合同时，均理解并同意总价包干包含了对工程量可能变化的预期，那么实际工程量少于图纸标注时，可能不需要扣减费用。
   • 图纸的准确性：如果图纸存在错误或不明确，导致实际工程量与图纸不符，且双方当事人在签订合同时均未发现或未对此进行特别约定，那么可能需要根据实际情况和公平原则进行调整。

3. 相关法律法规：

   • 《民法典》合同编：根据《民法典》合同编的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同中没有明确约定工程量与图纸不符时的处理方式，且双方无法达成一致意见，那么可能需要依据法律规定和合同目的进行解释和补充。
   • 建设工程领域的惯例：在建设工程领域，总价包干合同通常被理解为承包人承担工程量增减的风险，但这也并非绝对。如果实际工程量与图纸标注相差较大，且这种差异并非承包人所能预见或控制，那么可能需要根据行业惯例和公平原则进行调整。

4. 实际操作建议：

   • 协商解决：首先，建议双方当事人通过协商的方式解决争议。可以依据合同条款、双方当事人的真实意图以及相关法律法规进行充分沟通，寻求一个双方都能接受的解决方案。
   • 专业评估：如果协商无果，可以考虑聘请专业的工程造价机构对实际工程量进行评估，并根据评估结果和合同约定进行结算。
   • 法律途径：如果双方仍然无法达成一致意见，那么可能需要通过法律途径解决争议。可以依据相关法律法规和合同约定向法院提起诉讼或申请仲裁。

总结与建议：在处理总价包干合同中工程量与图纸不符的问题时，应首先审查合同条款的约定，了解双方当事人的真实意图，并参考相关法律法规和行业惯例。如果问题复杂或争议较大，建议寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到妥善维护。如果你有具体的合同条款或相关情况需要进一步分析，可以直接向我咨询。