结论：桩基总价包干合同能否按有效桩长计算，需根据合同具体条款、双方约定及实际履行情况综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的明确性

   • 若合同明确约定总价包干且未提及按有效桩长调整：在此情况下，总价包干通常意味着合同价格固定，不因工程量变化而调整。因此，除非合同中另有特别约定（如设计变更、不可抗力等导致工程量显著变化），否则一般不能按有效桩长重新计算合同价款。
   • 若合同中包含按有效桩长调整价款的条款：如果合同明确规定了根据有效桩长的实际测量结果来调整合同价款，那么双方应按照合同约定执行，此时可以按有效桩长计算。

2. 双方的实际履行情况

   • 若双方在实际履行中均认可按有效桩长计算：即使合同未明确约定，但如果双方在实际施工过程中均按照有效桩长进行计量和结算，且没有提出异议，那么可以视为双方对合同价款计算方式的变更，此时可以按有效桩长计算。
   • 若一方提出异议并证据充分：如果一方认为按有效桩长计算不符合合同约定或实际履行情况，并能提供充分证据支持其观点（如施工记录、验收报告等），那么可能需要通过协商、调解或诉讼等方式解决争议。

3. 法律原则与规定

   • 诚实信用原则：在合同履行过程中，双方应遵循诚实信用原则，按照合同约定履行各自义务。如果一方擅自变更合同价款计算方式，可能构成违约行为。
   • 《民法典》相关规定：根据《中华人民共和国民法典》中关于合同履行的规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果合同约定不明确或存在争议，可以参照交易习惯、行业惯例或相关法律法规进行解释和补充。

4. 建议与风险提示

   • 审查合同条款：在签订桩基总价包干合同时，应仔细审查合同条款，明确约定合同价款的计算方式、调整条件及争议解决方式等，以避免后续争议。
   • 保留施工记录：在施工过程中，应保留好相关施工记录、验收报告等证据材料，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
   • 及时沟通协商：如果双方对合同价款计算方式存在争议，应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。如果协商不成，可以考虑通过调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

总结：桩基总价包干合同能否按有效桩长计算，取决于合同条款的明确性、双方的实际履行情况以及法律原则与规定。在签订合同时，应明确约定合同价款的计算方式；在履行过程中，应保留好相关证据材料；在发生争议时，应及时沟通协商并寻求妥善解决方案。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。