结论：员工在被公司调查期间辞职，工资的处理方式主要取决于辞职的原因、劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 正常辞职情况下的工资处理

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权依法解除劳动合同，且用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 分析：如果员工是因为个人原因（如寻求更好的职业发展机会、家庭原因等）而正常辞职，且辞职行为符合劳动合同的约定和法律法规的规定，那么公司应当按照劳动合同的约定，支付员工应得的工资，包括基本工资、奖金、津贴等。

2. 因公司调查而辞职的特殊情况

   • 调查与辞职的关联性：如果员工是因为公司正在进行的调查（如涉及违纪、违法等行为的调查）而选择辞职，那么辞职的原因就可能与公司的调查行为有关。
   • 工资支付：在这种情况下，公司仍然应当支付员工应得的工资，除非员工存在违反公司规章制度或法律法规的行为，且这些行为已经导致了公司遭受损失，公司可以根据相关规定或劳动合同的约定，从员工的工资中扣除相应的赔偿。但需要注意的是，扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 特殊情形：如果员工因涉嫌违法犯罪被公安机关依法拘留或逮捕，且在此期间无法正常履行工作职责，公司可以根据实际情况暂停支付工资，但一旦员工被释放或证明无罪，公司应当补发暂停期间的工资。

3. 劳动合同中的特别约定

   • 分析：如果劳动合同中有关于员工在特定情况下（如被公司调查期间）辞职的特别约定，那么双方应当按照劳动合同的约定来处理工资问题。例如，劳动合同可能规定，在员工被公司调查期间辞职，公司有权扣除一定比例的工资作为违约金或赔偿金。但这样的约定必须符合法律法规的规定，否则可能被认定为无效。

4. 法律建议

   • 保留证据：无论员工因为何种原因辞职，都应当保留好与工资支付相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
   • 协商解决：如果员工与公司就工资支付问题存在争议，建议首先通过协商的方式解决。双方可以坐下来，就工资支付的具体问题进行沟通和协商，寻求一个双方都能接受的解决方案。
   • 法律途径：如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结与进一步思考：员工在被公司调查期间辞职，工资的处理方式并不是一成不变的，而是需要根据具体情况来进行分析和判断。作为员工，应当了解自己的权益和义务，保留好相关证据，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。