职务侵占案件中，一般不能直接扣除当事人的垫资，但垫资的性质及处理需结合具体情况分析。以下从不同角度为你详细阐述：
一、职务侵占与垫资的基本法律关系
职务侵占是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。而垫资通常指的是员工为了公司利益，先行垫付了本应由公司承担的费用或款项。在职务侵占案件中，垫资本身并不直接构成职务侵占的一部分，除非垫资行为本身被用作掩盖侵占行为的手段。
二、垫资的处理方式
垫资与职务侵占的独立性：
- 垫资行为本身，如果合法且符合公司规定，通常与职务侵占无关。公司应当按照约定或规定，及时报销或归还员工的垫资。
- 如果垫资行为被用作职务侵占的手段，例如通过虚假报销、虚构费用等方式侵占公司财物，那么这部分“垫资”实际上就是职务侵占的一部分，应当依法追缴并返还给公司。
扣除垫资的合法性：
- 在职务侵占案件中，如果法院认定了职务侵占行为，并判决了相应的赔偿责任，那么公司可以通过法律程序追缴被侵占的财物。但这并不意味着可以直接扣除当事人的垫资，除非垫资本身被认定为职务侵占的一部分。
- 如果垫资是合法的，且与公司无关的侵占行为没有直接联系，那么公司无权直接扣除当事人的垫资。公司应当通过正常的报销流程或法律途径来处理垫资问题。
三、实际操作中的建议
对于公司而言：
- 应当建立完善的财务管理制度和报销流程，确保垫资行为的合法性和透明性。
- 在发现职务侵占行为时，应当及时报警并配合司法机关进行调查，同时保留好相关证据，以便在后续的法律程序中维护自己的权益。
- 对于员工的合法垫资，应当及时报销或归还，避免引发不必要的法律纠纷。
对于员工而言：
- 在进行垫资行为时，应当确保行为的合法性和合规性，避免被卷入职务侵占等违法行为中。
- 如果发现公司存在职务侵占行为，应当及时向相关部门举报，并保护好自己的合法权益。
- 对于自己的合法垫资，应当保留好相关证据，以便在需要时进行维权。
四、法律后果
如果公司或员工在处理垫资问题时违反了相关法律法规或公司规定，可能会面临相应的法律后果。例如，公司可能因财务管理不善而承担民事责任；员工可能因职务侵占等违法行为而面临刑事处罚。
总结来说，职务侵占案件中不能直接扣除当事人的垫资，除非垫资本身被认定为职务侵占的一部分。在处理垫资问题时，公司应当遵循相关法律法规和公司规定，确保行为的合法性和合规性。如果你或你的公司遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。