公司审计过程中发现职务侵占，不能直接扣留员工。以下从不同角度为您详细分析：

一、公司审计的权限与限制

公司审计主要是对公司财务、业务等方面进行审查和监督，以确保公司运营的合规性和财务数据的真实性。然而，审计本身并不赋予公司扣留员工的权力。扣留员工属于限制人身自由的行为，必须由具有法定职权的机关（如公安机关）依法进行。

二、职务侵占的法律性质与处理

职务侵占是指公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。这属于刑事犯罪范畴，应当由公安机关依法进行侦查和处理。

1. 发现职务侵占后的正确做法：

   • 公司发现员工涉嫌职务侵占后，应当立即向公安机关报案，并提供相关证据材料。
   • 公安机关在接到报案后，会依法进行调查，并根据调查结果决定是否立案侦查。
   • 如果立案侦查，公安机关会依法采取必要的强制措施，如拘留、逮捕等，以限制犯罪嫌疑人的自由。

2. 公司不能自行扣留员工的原因：

   • 公司没有法定职权扣留员工，自行扣留可能构成非法拘禁等违法行为。
   • 自行扣留员工可能干扰公安机关的侦查工作，影响案件的公正处理。
   • 自行扣留员工还可能引发其他法律纠纷，如员工提起侵权诉讼等。

三、公司应采取的合法措施

1. 保护现场与证据：

   • 在发现职务侵占后，公司应立即保护现场，防止证据被破坏或灭失。
   • 公司应收集并保存相关证据材料，如财务记录、交易凭证、监控录像等。

2. 配合公安机关调查：

   • 公司应积极配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和支持。
   • 公司应如实向公安机关反映情况，提供真实、准确的证据材料。

3. 依法追究责任：

   • 如果公安机关立案侦查并认定员工构成职务侵占罪，公司可以依法追究员工的刑事责任。
   • 同时，公司还可以根据内部规章制度或劳动合同的约定，追究员工的民事责任或行政责任。

建议您：如果公司发现员工涉嫌职务侵占，应立即向公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。切勿自行扣留员工或采取其他非法措施，以免引发不必要的法律纠纷。如果您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。