结论：被告在败诉后，若认为对方工程施工不合格，是可以另行起诉的，但需满足一定条件并遵循相应法律程序。

分析说明：

1. 法律基础：

   • 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误的，可以向上一级人民法院申请再审；但再审申请并不影响当事人就新的事实或理由另行起诉的权利。
   • 在建设工程合同纠纷中，如果被告认为原告完成的工程存在质量问题，且该质量问题在之前的诉讼中未被充分审查或未作为抗辩理由提出，被告可以基于新的事实（即工程质量问题）另行提起诉讼。

2. 起诉条件：

   • 证据充分：被告需要提供充分的证据证明工程施工存在不合格的情况，如质量检测报告、专家鉴定意见等。
   • 未超过诉讼时效：被告应在知道或应当知道工程质量问题之日起一定期限内（通常为三年，但具体可能因地区或合同约定而异）提起诉讼，否则可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
   • 与原诉讼无重复：另行起诉的内容应与原诉讼无重复，即原诉讼中未涉及或未充分审查的工程质量问题。

3. 法律程序：

   • 准备起诉材料：包括起诉状、证据材料等，明确诉讼请求和事实理由。
   • 提交法院：将起诉材料提交至有管辖权的人民法院。
   • 参与诉讼：在法院受理案件后，积极参与诉讼过程，包括出庭、举证、质证等。

4. 可能后果：

   • 胜诉：如果法院认定工程施工确实存在不合格情况，且被告的诉讼请求合理合法，法院可能会判决原告承担相应的修复责任或赔偿损失。
   • 败诉：如果被告无法提供充分证据证明工程质量问题，或者法院认为该问题已在原诉讼中得到充分审查并处理，被告可能会败诉。

行动建议：

• 收集证据：被告应尽快收集并整理关于工程施工不合格的证据材料，如质量检测报告、照片、视频等。
• 咨询专业律师：在提起诉讼前，被告应咨询专业律师，对案件进行全面评估，了解诉讼风险和可能的结果。
• 准备起诉材料：根据律师的建议，准备起诉状和证据材料，确保诉讼请求明确、事实理由充分。
• 及时提起诉讼：在确保证据充分且未超过诉讼时效的情况下，及时向法院提起诉讼，以维护自身合法权益。

特殊场景：

• 如果原诉讼中被告已经提出过工程质量问题的抗辩，但法院未予采纳或未充分审查，被告在另行起诉时需要特别注意说明这一点，并提供新的证据或理由来支持其主张。
• 如果工程质量问题涉及公共安全或重大利益，法院可能会更加谨慎地处理此类案件，被告应做好充分的准备和应对。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。