在公司申请项目时要求提供员工的毕业证，这通常是为了验证员工的学历背景，确保员工具备项目所需的相应教育水平和专业知识。具体来说，毕业证在公司申请项目中的作用可能体现在以下几个方面：

1. 学历验证：毕业证是证明员工完成特定教育阶段并获得相应学历的官方文件。在申请项目时，公司可能需要确认员工的学历背景，以确保团队具备完成项目所需的专业技能和知识。例如，在申请一些需要高度专业知识的项目时，公司可能会要求员工提供毕业证以证明其具备相关领域的学历。

2. 资质审核：某些项目可能对参与人员的资质有特定要求，如特定的学历层次或专业背景。毕业证作为员工学历的直接证明，有助于公司满足这些资质审核条件，从而增加项目申请的成功率。

3. 团队实力展示：在申请项目时，公司可能需要向评审机构展示团队的实力和背景。提供员工的毕业证可以作为一种证明团队成员教育水平和专业能力的手段，有助于提升公司在项目评审中的竞争力。

4. 合规性要求：在某些情况下，政府或行业监管机构可能要求公司在申请项目时提供员工的学历证明，以确保项目符合相关的法规和政策要求。毕业证作为官方学历证明文件，可以满足这些合规性要求。

以长沙市“小荷”青年人才创业项目申报为例，该通知中明确提到需要提供申报企业法定代表人的毕业证、学历学位证明作为佐证资料。这正是因为毕业证能够证明法定代表人的学历背景，从而满足项目申报的条件之一。

因此，当公司要求提供员工的毕业证时，通常是为了验证员工的学历背景、满足项目资质审核要求、展示团队实力或满足合规性要求。员工应积极配合公司提供相关证明文件，以确保项目申请的顺利进行。