行政协议部分条款无效或者违法，并不直接导致整个行政协议无效，其整体效力需根据违法的具体情形、严重程度以及对公共利益的影响等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、行政协议无效的法定情形
根据《中华人民共和国民法典》及相关法律规定，行政协议可能因以下情形而无效：
- 违反法律、行政法规的效力性强制性规定：如果行政协议的部分条款直接违反了法律或行政法规的效力性强制性规定，即那些法律及行政法规明确规定，一旦违反将导致合同无效的规范，或者虽未明文规定违反后合同无效，但继续履行合同将损害国家利益和社会公共利益的规范，那么这些条款将被认定为无效。但需注意，如果协议仅仅违反的是管理性强制性规定，即主要是为了管理和规范某种行为，以实现行政管理的目的，并不直接否定行为的民事效力的规定，那么协议并不当然无效。
- 违背公序良俗：行政协议的内容不得违背社会公共秩序和善良风俗。如果部分条款内容损害了社会公共利益或违背了基本的道德准则，这些条款也将被认定为无效。
- 恶意串通，损害他人合法权益：如果行政机关与相对人之间存在恶意串通，通过签订行政协议的部分条款来损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，这些条款同样无效。
- 以虚假的意思表示订立：如果行政协议的部分条款的订立是基于虚假的意思表示，即双方并无真实履行该条款的意愿，而是为了掩盖其他非法目的，这些条款也将被认定为无效。
- 重大且明显违法：若行政行为实施主体不具有行政主体资格，或者没有依据等重大且明显违法情形，且该情形体现在行政协议的部分条款中，原告请求确认这些条款无效的，人民法院应予支持。
二、行政协议部分条款无效或违法的其他后果
除了导致相关条款无效外，行政协议部分条款的违法情形还可能产生以下后果：
- 可撤销：在某些情况下，虽然行政协议的部分条款存在违法情形，但并未达到无效的程度，而是属于可撤销的范畴。例如，条款中存在轻微的程序瑕疵，但不影响协议的整体效力和履行。此时，受损害的当事人可以请求法院或仲裁机构撤销这些条款。
- 确认违法但不撤销：对于某些特殊类型的行政协议，如涉及国家利益或社会公共利益的协议，即使部分条款存在违法情形，法院也可能判决确认这些条款违法但不撤销。这是为了维护公共利益和社会稳定，避免条款被撤销后给国家和社会带来更大的损失。
- 赔偿损失：如果行政协议部分条款的违法情形导致了当事人的损失，行政机关应当承担赔偿责任。这包括直接损失和间接损失，以及因条款无效或被撤销而产生的其他相关费用。
三、行政协议效力的司法审查
在司法实践中，法院会对行政协议的效力进行严格的审查。审查内容包括协议的主体是否适格、内容是否合法、程序是否正当等方面。如果法院认定行政协议的部分条款存在违法情形，将根据具体情况作出相应的判决，如确认条款无效、撤销条款或要求行政机关承担赔偿责任等。
四、实际案例与法律建议
实际案例：假设某行政协议中约定了行政机关超越其职权范围的事项，如未经批准擅自征收土地。这一条款直接违反了国家关于土地管理的效力性强制性规定，因此将被认定为无效。但协议中的其他条款，如关于补偿标准、支付方式等，如果并未违反法律法规的强制性规定，且双方均表示愿意继续履行，那么这些条款仍然有效。
法律建议：
- 谨慎审查协议内容：在签订行政协议前，双方应仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律法规的强制性规定和公序良俗。
- 及时咨询专业律师：如果对协议中的某些条款存在疑虑或不确定其法律效力，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见。
- 积极应对违法条款：如果发现行政协议中的部分条款存在违法情形，应及时与对方协商修改或撤销这些条款，以避免潜在的法律风险和损失。
综上所述，行政协议部分条款无效或者违法并不直接导致整个协议无效，其整体效力需根据具体情况综合判断。在签订和履行行政协议时，双方应严格遵守相关法律法规，确保协议的有效性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。