违反部门规章相关条款的协议并不必然无效。具体分析如下：

1. 违反强制性规定：

   • 根据《民法典》的相关规定，违反了法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为是无效的。但这里的“强制性规定”指的是全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规，并不包括部门规章。
   • 因此，如果协议违反的是部门规章的强制性规定，而并非法律或行政法规的强制性规定，那么该协议并不因此必然无效。

2. 综合考量因素：

   • 在判断协议是否因违反部门规章而无效时，法院会综合考量多种因素，如规章内容涉及的社会公共利益、交易双方的利益关系、维护交易稳定与鼓励交易的原则等。
   • 如果规章内容涉及金融安全、市场秩序、国家宏观政策等公序良俗，且违反该规章会损害社会公共利益，那么法院可能会认定协议无效。
   • 但如果违反规章仅涉及当事人之间的利益关系，不影响社会公共利益，那么一般不能仅因违反该规章就认定协议无效。

3. 实际案例：

   • 在实际案例中，法院对于违反部门规章的协议是否有效的判断，也是基于上述原则进行的。例如，某些金融机构在未达特定资质时开展特定业务，如果违反了相关规章，那么因此签订的协议可能会因损害金融安全与市场秩序而被认定无效。

综上所述，违反部门规章相关条款的协议并不必然无效，而是需要根据具体情况进行综合判断。如果你有相关的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。