协议中违反法律的条款通常无效，但具体效力需根据违法条款的性质及协议整体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、违法条款的性质对协议效力的影响
违反效力性强制规定的条款：
- 若协议中的条款直接违反了法律、行政法规中的效力性强制性规定，且该违法行为严重损害国家利益、社会公共利益，那么这些条款自始无效，且可能导致协议整体无效。例如，协议中约定买卖毒品、枪支等违禁品，这样的条款因严重违法而无效，整个协议也可能因此被认定为无效。
违反管理性强制规定的条款：
- 若协议中的条款违反的是管理性强制性规定，如某些资质许可要求，且该规定旨在管理市场秩序而非直接否定协议效力，则这些条款一般不因此导致协议整体无效。此时，若能通过补正手续满足相关规定，协议仍有可能被认定为有效。例如，协议中约定未经批准从事特定行业经营，但后续补办了相关许可手续，那么该协议在补办手续后可能仍然有效。
二、违法条款与协议其他部分的关系
部分条款违法，不影响其他部分效力：
- 若协议中的违法条款具有可分性，即该条款可以独立于协议其他部分而存在，且不影响其他部分的履行和效力，那么其他部分仍然有效。例如，协议中关于过高违约金的约定可能因违反法律规定而无效，但不影响协议中关于交易内容、履行方式等其他条款的法律效力。
违法条款导致协议整体无效：
- 若违法条款是协议的核心条款，且该条款的违法性导致整个协议的目的无法实现或严重损害国家利益、社会公共利益，那么整个协议可能被认定为无效。例如，协议中约定以合法形式掩盖非法目的，如通过虚假交易逃避税收，这样的协议因严重违法而整体无效。
三、违法协议的法律后果及应对建议
法律后果：
- 若协议被认定为无效或部分无效，行为人因该协议取得的财产应予以返还；不能返还或无需返还的，应折价补偿。同时，有过错的一方应赔偿对方因此遭受的损失；各方均有过错的，各自承担相应责任。
应对建议：
- 加强法律审查：在签署协议前，务必对相关法律规定进行详细审查，确保协议条款的合法性和有效性。特别是要关注效力性强制规定，避免触碰法律红线。
- 及时补救：若发现协议可能存在违反管理性强制规定的情况，应立即采取措施进行补救，如申请相关许可或备案等，以降低协议无效的风险。
- 寻求法律帮助：若对协议的法律效力存在疑问或遇到纠纷，应及时向我咨询，以便获取专业的法律意见和风险防范建议。
综上所述，协议中违反法律的条款并非一律无效，其效力需根据违法条款的性质、协议整体情况以及相关法律法规的规定来判断。在实际操作中，当事人应谨慎行事，确保协议的合法合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。