协议中一个条款违反法定义务，协议并不必然整体无效，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律原则与规定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。这意味着，并非所有违反法律规定的协议条款都会导致整个协议无效。如果协议中的某个条款违反了法律或行政法规的强制性规定，但该条款并不涉及导致整个协议无效的重大问题（如严重损害国家利益、社会公共利益等），那么该条款可能被认定为无效，但协议的其他部分仍然有效。

二、条款性质与影响

1. 效力性强制性规定与管理性强制性规定的区分：

   • 如果违反的是效力性强制性规定（即直接规定合同无效或合同成立必须具备的条件），则可能导致整个协议无效。
   • 如果违反的是管理性强制性规定（即对合同行为进行管理，但并不直接否定合同效力的规定），则通常不会导致整个协议无效，而只是违反规定的条款无效。

2. 条款对协议整体的影响：

   • 如果违法条款是协议的核心条款，且其违法导致协议目的无法实现，那么整个协议可能被视为无效。
   • 如果违法条款只是协议中的个别条款，且不影响其他部分的有效性，那么其他条款仍然有效。

三、实际案例与判断

以违约金约定过高为例，如果合同中关于违约金的约定违反了相关法律规定（如超过了法定上限），那么只有违约金的条款可能被认定为无效或需要进行调整，但合同的其他约定仍然会受到法律保护，具有法律效力。

四、法律建议

1. 审查协议条款：在签订协议前，务必仔细审查协议条款，确保所有条款均符合法律、行政法规的强制性规定。
2. 咨询专业律师：如果对协议条款的法律效力存在疑问，建议咨询专业律师，以便获得准确的法律意见。
3. 及时调整协议：如果发现协议中存在违法条款，应及时与对方协商调整协议内容，以避免潜在的法律风险。

举例说明：假设您与一家公司签订了一份合作协议，其中有一条关于利润分配的条款违反了相关税法规定。在这种情况下，只有利润分配的条款可能因违法而无效，但协议中的其他条款（如合作期限、双方权利义务等）仍然有效。

如果您在协议审查或签订过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律意见。