两份协议内容不一样，其法律效力需根据具体情况进行判定，不能一概而论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、协议内容不一致的基本判定原则
不同法律关系与目的功能：
- 如果两份协议分别建立在不同的法律关系基础之上，且各自具有独特的目的和功能，同时都严格遵守了相关的法律法规，那么它们完全有可能都被认为是合法有效的。例如，一份是购房合同，另一份是租赁合同，两者涉及的法律关系和目的功能截然不同，因此内容不一致并不影响各自的法律效力。
同一法律关系与事项：
- 当涉及到同一法律关系以及相同的事项时，如果出现了两份内容相互矛盾的协议，就需要依据协议签订的时间顺序、是否已经开始执行、是否经过了相应的备案程序等多个方面的因素来进行综合考量。通常，后签订的协议会被视为对前一份协议的修改或补充，如果这种修改或补充得到了双方当事人的真实意愿表达，那么修改后的协议往往会被视为有效的。
二、具体情形下的法律效力判定
后协议为修改补充：
- 如果后一份协议实际上是对前一份协议的修改和补充，且这种修改和补充得到了双方当事人的真实意愿表达，同时不存在欺诈、胁迫等导致协议无效的特殊情况，那么修改后的协议通常会被视为有效的。
存在无效或可撤销情形：
- 如果后一份协议存在欺诈、胁迫、重大误解、显失公平等导致协议无效或可撤销的情形，或者内容违反法律法规的强制性规定，那么该协议可能被撤销或部分无效。此时，需要深入研究相关的证据和事实，并结合相关的法律规定进行全面的分析和评估。
虚假意思表示：
- 如果两份协议主体相同、标的相同，但其中一份为虚假意思表示，那么以虚假意思表示签订的协议无效，而另一份真实意思表示的协议则有效。
三、协议冲突时的处理原则
有冲突解决约定：
- 如果两份协议中有关于冲突解决的约定条款，那么应按照约定处理。例如，双方可能约定以某一份协议为准，或者约定在出现冲突时如何协商解决。
无冲突解决约定：
- 如果没有此类约定，就需要区分不同情况。如果两份协议主体相同、内容相近，后签订的协议通常视为对前一份协议的变更或补充，以后签协议为准。如果两份协议主体不同、内容关联不大，则分别依据各协议的具体情况来判断其效力和适用范围。
四、建议与注意事项
- 签订协议时：双方应尽可能明确协议的内容、目的和功能，避免出现内容不一致的情况。如果确实需要签订多份协议，应在协议中明确约定各份协议之间的关系和冲突解决方式。
- 出现争议时：双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，可以寻求法律途径解决。在处理协议纠纷的过程中，当事人需要提供相应的证据来支持自己的主张。
总之，两份协议内容不一样其法律效力需根据具体情况进行判定。如果您在处理此类问题时遇到困难或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。