违法解除劳动合同的情况下，工资、奖金以及未休年假补偿是否应算在一起扣税，需分情况讨论：
工资与奖金的税务处理
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，工资、薪金所得属于个人所得税的征税范围，这包括基本工资、奖金、津贴、补贴等与任职或者受雇有关的所得。因此，在违法解除劳动合同的情况下，员工应得的工资和奖金应当合并计算个人所得税。
- 计算公式：应纳税所得额 = 工资薪金所得 - 免征额（目前为5000元/月） - 专项扣除（如社保、公积金等） - 专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等） - 其他依法确定的扣除项目；应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
- 具体操作：在违法解除劳动合同时，公司应按照员工实际应得的工资和奖金总额，代扣代缴个人所得税，并在离职时一次性结清。
未休年假补偿的税务处理
- 未休年假补偿通常被视为员工因未享受法定假期而获得的补偿性收入，根据税法规定，这部分收入也属于个人所得税的征税范围。然而，其税务处理可能因具体规定和地区实践而有所不同。
- 一般原则：未休年假补偿应并入工资薪金所得中，一并计算个人所得税。但需注意，如果补偿金额较高，可能适用更高的税率。
- 特殊情况：在某些地区或特定情况下，未休年假补偿可能被视为独立的一次性收入，按照特定的税率或计算方法进行纳税。但这种情况较为少见，且需依据当地税务机关的具体规定执行。
- 建议操作：为避免税务风险，公司在支付未休年假补偿时，应咨询当地税务机关或专业税务顾问的意见，确保按照正确的税务方法进行处理。
违法解除劳动合同的特殊性
- 在违法解除劳动合同的情况下，员工除了有权获得工资、奖金和未休年假补偿外，还可能根据《劳动合同法》的规定，要求公司支付赔偿金。赔偿金的计算通常基于员工在公司的工作年限和月工资水平。
- 税务处理：赔偿金是否应纳入个人所得税的征税范围，以及如何计算税额，可能因具体规定和地区实践而有所不同。一般来说，如果赔偿金被视为与任职或者受雇有关的所得，则应纳入个人所得税的征税范围。但需注意，某些特定类型的赔偿金（如因工伤获得的赔偿金）可能享受免税待遇。
- 建议：在处理违法解除劳动合同的赔偿金时，公司应咨询专业税务顾问或当地税务机关的意见，确保按照正确的税务方法进行处理，并避免潜在的税务风险。
总结与建议：
- 在违法解除劳动合同的情况下，工资、奖金以及未休年假补偿通常应合并计算个人所得税。但具体税务处理可能因地区实践、具体规定和补偿类型而有所不同。
- 为确保税务处理的准确性和合规性，公司应咨询当地税务机关或专业税务顾问的意见，并按照正确的税务方法进行处理。
- 员工在收到相关补偿时，也应关注税务问题，确保自己的权益不受损害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。