在合同中约定了有效仲裁条款的情况下，当事人应当首先通过仲裁方式解决纠纷，而不应直接向法院起诉。若未经仲裁直接起诉，法院通常不会受理，但存在特殊情形时除外。以下是对这一问题的详细分析：
一、仲裁条款有效的情况
基本原则：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人达成有效的仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理。这意味着，如果合同中的仲裁条款有效，当事人应当遵守该约定，将争议提交给约定的仲裁机构进行仲裁。
仲裁条款有效性的判断标准：
- 明确的请求仲裁的意思表示；
- 具体的仲裁事项；
- 选定的仲裁委员会。
- 例如，合同中明确写明“双方因本合同产生的一切争议，均提交[具体仲裁委员会名称]仲裁解决”，这样的仲裁条款通常是有效的。
法律后果：
- 如果一方违反仲裁协议向法院起诉，而另一方在法院首次开庭前提交仲裁协议的，法院应当驳回原告的起诉。
二、仲裁条款无效的情况
无效情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条规定，仲裁协议在以下情形下无效：
- 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围的；
- 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人订立的仲裁协议；
- 一方采取胁迫手段，迫使对方订立仲裁协议的。
特殊情况下的无效：
- 如果仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确，且当事人无法达成补充协议，那么该仲裁条款也视为无效。
法律后果：
- 当仲裁条款无效时，当事人可以向法院提起诉讼来解决争议。
三、其他特殊情况
除了仲裁条款无效外，还有一些其他特殊情况可能导致当事人可以向法院提起诉讼：
仲裁机构未受理仲裁申请：
- 如果当事人已经按照仲裁协议向仲裁机构提出了仲裁申请，但仲裁机构以某种理由不受理该申请，那么在这种情况下，当事人也可以向法院提起诉讼。
仲裁裁决被撤销或不予执行：
- 如果仲裁裁决作出后，该裁决被有管辖权的法院依法撤销或者裁定不予执行，那么当事人可以就该争议向法院提起诉讼。
四、建议与注意事项
仔细审查仲裁条款：
- 在签订合同时，建议当事人仔细审查仲裁条款的有效性，确保仲裁条款符合法律规定的要件，以避免后续纠纷解决过程中的不必要的麻烦和损失。
选择合适的纠纷解决方式：
- 在发生纠纷时，当事人应根据实际情况选择合适的纠纷解决方式。如果合同中约定了有效的仲裁条款，且没有无效或特殊情形，那么应当遵守该约定，通过仲裁方式解决争议。
保留相关证据和材料：
- 无论选择仲裁还是诉讼方式解决争议，当事人都应注意保留相关证据和材料，以便在必要时证明自己的权益或应对可能出现的特殊情况。
综上所述，合同中的仲裁条款或仲裁协议具有排除法院管辖权的法律效力，但并非绝对。在特定情况下，如仲裁条款无效、仲裁机构未受理仲裁申请或仲裁裁决被撤销或不予执行时，当事人仍然可以向法院提起诉讼。因此，在处理合同纠纷时，当事人应当根据实际情况灵活应对，确保自身权益得到有效维护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。