结论前置：加班工资的计算需分情况讨论，主要取决于工资发放方式是否符合法律规定以及加班的具体类型。以下是具体分析：

1. 若每月少发的工资部分属于合法延迟发放（如双方书面约定且不违反最低工资标准）
   根据《工资支付暂行规定》，加班工资应按以下标准计算：

   • 工作日加班：不低于工资的150%（即日工资×150%×加班天数）；
     
   • 休息日加班且未补休：不低于工资的200%（即日工资×200%×加班天数）；
     
   • 法定节假日加班：不低于工资的300%（即日工资×300%×加班天数）。
     关键点：若每月仅发放基本工资（如当地最低工资），年底补发剩余部分，加班工资基数应按劳动合同约定的工资标准或实际发放的月平均工资（含年底补发部分）计算，具体以双方约定或地方规定为准。例如，若合同约定月薪1万元，但每月仅发5000元，年底补5000元，则加班基数可能按1万元计算（需结合地方司法实践）。

2. 若每月少发工资属于“克扣”或“拖欠”（如无合法约定或低于最低工资）
   此时用人单位可能涉嫌违法，加班工资计算基数需按实际应得工资确定。例如：

   • 若每月应发1万元，但仅发6000元（无合法理由），则加班基数应按1万元计算；
     
   • 若因此导致劳动者离职，用人单位还需支付经济补偿金（按工作年限×月工资标准）。
     风险提示：若用人单位通过“分开发放”规避加班工资支付义务，劳动者可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求补发加班工资及赔偿。

3. 地方性规定的特殊情形
   部分地区对加班工资基数有细化规定，例如：

   • 北京：以劳动合同约定的工资标准为基数，合同未约定或约定不明的，按实际收入（含补贴、奖金）的70%确定；
     
   • 上海：以劳动者所在岗位对应的正常出勤月工资为基数，不包括年终奖、交通补贴等非固定收入。
     建议：需结合当地具体规定进一步核实计算基数。

行动建议：

1. 核对劳动合同中关于工资结构、发放方式的约定；
   
2. 保留工资条、考勤记录、加班通知等证据；
   
3. 若用人单位拒不支付加班工资，可先协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
   

如有进一步疑问（如具体地区计算差异、证据收集等），可直接向我咨询。