针对您提出的“证书注册在某单位且也是在该单位缴纳的唯一社保是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

一、证书挂靠与社保缴纳的基本概念

1. 证书挂靠：通常指的是拥有特定资质证书的个人，将证书挂靠到相关企业名下，名义上成为该企业员工，但实际上并不在该企业工作，只是将证书交给企业代管。企业则利用这些证书来满足相关资质要求，承接业务项目。

2. 社保缴纳：社保缴纳是员工与企业之间建立劳动关系的重要标志之一。根据社保法规定，一个人在同一时间段内只能有一份社保，且应与实际工作单位相一致。

二、证书注册与社保缴纳的合法性分析

1. 如果证书持有人实际在该单位工作：

   • 在这种情况下，证书注册在该单位且在该单位缴纳社保是合法的。因为证书持有人确实为该单位提供了劳动服务，符合社保缴纳和证书注册的基本要求。

2. 如果证书持有人并未实际在该单位工作：

   • 在这种情况下，证书注册在该单位且在该单位缴纳社保则可能构成违法行为。这通常被称为“证书挂靠”或“社保挂靠”，其实质是骗取参保资格，违反了《中华人民共和国社会保险法》等相关法律法规。
   • 根据《中华人民共和国社会保险法》第八十八条，以欺诈、伪造证明材料或者其他手段骗取社会保险待遇的，由社会保险行政部门责令退回骗取的社会保险金，并处骗取金额两倍以上五倍以下的罚款。

三、证书挂靠的风险与后果

1. 法律风险：证书挂靠行为可能面临法律处罚，包括罚款、撤销证书等。同时，如果挂靠行为被查实，还可能影响个人信用记录，对未来的职业发展造成不利影响。

2. 经济风险：证书挂靠虽然可能带来一定的经济收益，但一旦挂靠行为被查实，企业可能会要求证书持有人退回已支付的挂靠费用，甚至可能面临法律诉讼和赔偿。

3. 职业风险：证书挂靠行为可能损害个人职业声誉，影响未来在行业内的职业发展。同时，如果挂靠企业因资质问题被查处，证书持有人也可能受到牵连。

四、建议与结论

1. 建议：对于证书持有人来说，应遵守相关法律法规，不要将证书挂靠到非实际工作单位。如果确实需要为某单位提供证书支持，应确保与该单位建立真实的劳动关系，并依法缴纳社保。

2. 结论：证书注册在某单位且也是在该单位缴纳的唯一社保是否合法，取决于证书持有人是否实际在该单位工作。如果实际工作，则是合法的；如果未实际工作，则可能构成违法行为，面临法律风险和经济风险。因此，建议证书持有人遵守相关法律法规，确保证书注册和社保缴纳的合法性。