结论：商铺占用公共区域物业公司收费是否合理，需分情况讨论，主要取决于公共区域的权属、物业公司的收费依据以及是否经过业主共同决定等关键因素。以下从不同角度为您详细分析：

一、公共区域权属角度

1. 公共区域属于全体业主共有：

   • 根据《民法典》的相关规定，建筑区划内的道路、绿地、其他公共场所、公用设施和物业服务用房，属于业主共有。若商铺占用的公共区域属于全体业主共有，那么物业公司无权单独决定收费，除非该收费行为已经业主大会或业主委员会的同意。
   • 举例：如商铺前的步行道、公共停车场等，若这些区域属于全体业主共有，物业公司未经业主同意擅自收费，则该收费行为可能不合法。

2. 公共区域权属存在争议：

   • 在某些情况下，公共区域的权属可能存在争议，如商铺与相邻建筑之间的通道、绿化带等。此时，需要依据相关规划文件、产权证书等来确定权属。
   • 建议：若权属存在争议，建议先通过协商、调解等方式解决权属问题，再确定物业公司是否有权收费。

二、物业公司收费依据角度

1. 有合法收费依据：

   • 若物业公司能够提供合法的收费依据，如业主大会或业主委员会的决议、物业服务合同中的相关条款等，且该收费行为符合相关法律法规的规定，那么物业公司收费可能是合理的。
   • 举例：若物业服务合同中明确约定了商铺占用公共区域需支付一定费用，且该费用用于公共区域的维护、管理等，那么物业公司收费即有合法依据。

2. 无合法收费依据：

   • 若物业公司无法提供合法的收费依据，或收费行为违反了相关法律法规的规定，如未经业主同意擅自提高收费标准、收取未明确列明的费用等，那么物业公司收费可能是不合理的。
   • 法律后果：根据《物业管理条例》的规定，物业公司违反物业服务合同约定或者法律、法规、部门规章规定，擅自扩大收费范围、提高收费标准或者重复收费的，业主有权拒绝缴纳，并可向相关部门投诉。

三、业主共同决定角度

1. 需经业主共同决定：

   • 根据《民法典》的规定，利用共有部分从事经营性活动以及处分共有部分产生的收益的分配等事项，需由业主共同决定。因此，若商铺占用公共区域进行经营性活动并产生收益，或物业公司拟对商铺占用公共区域进行收费，均需经业主共同决定。
   • 程序要求：业主共同决定事项，应当由专有部分面积占比三分之二以上的业主且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并经参与表决专有部分面积过半数的业主且参与表决人数过半数的业主同意。

2. 未履行共同决定程序：

   • 若物业公司未履行共同决定程序即擅自对商铺占用公共区域进行收费，那么该收费行为可能因程序违法而无效。
   • 建议：业主可要求物业公司停止收费行为，并可通过协商、调解、诉讼等方式维护自身合法权益。

总结与建议：商铺占用公共区域物业公司收费是否合理，需综合考虑公共区域的权属、物业公司的收费依据以及是否经过业主共同决定等因素。若您认为物业公司的收费行为不合理，建议先与物业公司进行沟通协商，若协商无果，可向业主委员会、相关部门投诉或寻求法律途径解决。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。