针对您提出的小区商铺占用公共区域的问题，作为物业或相关管理方，您可以采取以下一系列措施来确保公共区域的正常使用和全体业主（包括商铺业主）的合法权益。

一、初步沟通与协商

1. 友好沟通：

   • 首先，尝试与占用公共区域的商铺业主或经营者进行直接且友好的沟通。
   • 明确指出该区域为公共区域，其占用行为对其他业主和商铺的正常使用造成了不便。
   • 了解对方占用的原因，并尝试寻求双方都能接受的解决方案，如限时清理或调整使用方式等。

2. 联系物业介入：

   • 若您是商铺业主或经营者，且所在区域有物业管理，应及时向物业反映情况。
   • 物业有责任维护公共区域的秩序，他们会协助您与占用者进行协调，或采取必要措施纠正不当行为。
   • 提供详细信息和证据，如占用位置的照片、视频等，以便物业快速响应。

二、书面通知与上报

1. 发送书面通知：

   • 若口头沟通无果，物业应以书面形式向占用业主发送整改通知。
   • 通知中应明确指出占用位置、违反的规定条款及整改期限（通常为3至7个工作日）。
   • 书面通知需通过多种方式送达，并确保留存送达凭证，如上门签收、张贴拍照、电子邮件或短信等。

2. 向相关部门报告：

   • 若占用业主在限期内未整改，物业应向当地房地产行政主管部门（如住建局、房管局）或城市管理综合执法部门报告。
   • 详细说明情况并提供相关证据，请求主管部门介入处理。

三、业主委员会协调与法律途径

1. 业主委员会协调：

   • 针对争议较大的情况，物业可组织业主委员会参与协调。
   • 业主委员会作为业主大会的执行机构，在小区管理中具有代表性和协调能力。
   • 可与占用业主共同沟通协商，以维护小区整体利益和业主共同权益为出发点，促使业主改正行为。

2. 法律途径：

   • 提起民事诉讼：若其他方法均无效，物业可代表全体业主利益，以物业管理公司名义向人民法院提起民事诉讼。
     • 诉讼请求应包括要求占用业主停止侵权行为、排除妨碍、恢复公共区域原状，并赔偿损失（如有）。
     • 诉讼过程中，物业需提供充分证据证明侵权事实及管理告知义务履行情况。
   • 申请强制执行：若法院判决业主清理公共区域但拒不执行，物业可在规定时间内向法院申请强制执行。
     • 法院将依法采取强制手段恢复公共区域使用状态，相关费用由违法业主承担。

四、设置障碍物与通报违规行为

1. 设置障碍物与警示标志：

   • 根据小区具体情况和管理规定，物业可在公共区域设置障碍物或警示标志。
   • 以防止业主再次占用，但需在确保安全、合法且不影响其他业主正常使用的前提下进行。

2. 通报违规行为：

   • 通过小区公告栏、微信群等方式向全体业主通报占用业主的违规行为。
   • 形成舆论压力，促使其改正，但需注意保护占用业主的隐私权和名誉权，避免过度曝光。

五、注意事项

• 在整个处理过程中，物业应始终遵循法律法规和小区管理规定的原则，确保自身行为的合法性和合理性。
• 应注重与业主的沟通和协调，尽量通过和平方式解决问题，维护小区的和谐稳定。
• 物业还需保存好所有相关证据，如沟通记录、书面通知、投诉回执、照片、视频等，以便在需要时证明自身已履行管理职责并为后续处理提供有力支持。

综上所述，面对小区商铺占用公共区域的问题，物业应通过沟通、书面通知、上报协调、法律途径及设置障碍物与通报违规行为等步骤来逐步解决。在每个阶段都应注意保留证据，并遵循法律法规和小区管理规定，以确保公共区域的正常使用和全体业主的合法权益。