在综合工时制下，年休假不应算作工时。以下是从多个角度进行的详细分析：
一、法律原理与规定
年休假的性质：
- 年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，旨在保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力。它并非劳动者提供劳动的时间，而是劳动者的一种休息权利。
综合工时制的特点：
- 综合工时制是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。这种制度下，具体的工作时间安排更加灵活，但并不意味着年休假可以算作工时。
不计入工时的依据：
- 从工时计算的角度来看，综合工时制下的工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间。年休假期间，劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。这是符合法律法规规定的，也体现了对劳动者休息权利的尊重和保护。
二、实际操作中的考量
工资支付：
- 虽然年休假不算工时，但劳动者在年休假期间是享有带薪待遇的。用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬，确保劳动者在享受年休假的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。
工时统计与管理：
- 用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。这有助于确保工时计算的准确性和合规性，也能在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
合理安排工作与休息：
- 用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。通过合理的工作安排和休息制度，可以提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
三、年假天数与补偿
年假天数的确定：
- 无论采用何种工时制度，职工均享有带薪年假的权利。年假天数根据累计工作年限确定，如累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；已满10年不满20年的，年休假为10天；已满20年的，年休假为15天。
未休年假的补偿：
- 若用人单位经职工同意不安排年休假或安排的年休假天数少于应休天数，则应在本年度内对职工应休未休的年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬。其中，日工资收入的计算方式为：职工本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）。月工资是指职工在用人单位支付其未休年休假工资报酬前12个月剔除加班工资后的月平均工资。
总结与建议：
在综合工时制下，年休假不应算作工时，这是符合法律法规规定的，也体现了对劳动者休息权利的尊重和保护。用人单位应严格遵守相关法律法规，合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者的合法权益得到有效保障。如果用人单位将年休假算作工时或未按规定支付年休假工资报酬，劳动者有权向相关部门投诉或寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。