超市扣员工工资是否合法，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法扣减工资的情形
法定扣减：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：如果员工因疏忽导致超市货物损坏，超市可以根据合同约定和实际情况，从员工工资中扣除一定比例作为赔偿，但需遵守上述限制。
约定扣减：
- 如果超市与员工在劳动合同中明确约定了某些情况下可以扣减工资，且这些约定不违反法律法规的强制性规定，那么超市在符合约定条件的情况下扣减工资是合法的。
- 举例：劳动合同中约定，员工迟到一次扣减一定金额的工资，且该金额合理且不违反最低工资标准等规定，那么超市在员工迟到时扣减相应工资是合法的。
二、非法扣减工资的情形
无合法依据扣减：
- 如果超市没有合法依据，如未经员工同意或违反法律法规的规定，擅自扣减员工工资，那么这种行为是违法的。
- 举例：超市以“员工表现不佳”为由，未经员工同意或未按照合同约定，擅自扣减员工工资，这种行为就是违法的。
扣减金额超过法定限制：
- 即使超市有合法依据扣减员工工资，但如果扣减的金额超过了法定限制（如每月扣除的部分超过劳动者当月工资的20%），那么这种行为也是违法的。
三、员工应对措施
与超市协商：
- 如果员工认为超市扣减工资的行为不合法或不合理，可以首先与超市进行协商，要求超市说明扣减工资的原因和依据，并尝试达成和解。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对超市的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果劳动监察部门的处理结果不能满足员工的需求，员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：超市扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断。如果超市有合法依据且扣减金额未超过法定限制，那么扣减工资是合法的；反之，则是违法的。作为员工，如果遇到超市非法扣减工资的情况，应积极与超市协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁/提起诉讼来维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。