核心结论：若变更劳动合同只有公司一份，劳动者可采取以下措施维护自身权益。

1. 与公司协商补签
   首先，劳动者可主动与公司人力资源部门或直接上级沟通，明确指出劳动合同变更后仅公司持有文本不符合法律规定（《劳动合同法》第35条要求变更需双方协商一致并采用书面形式，且双方各执一份）。要求公司补签变更后的合同并交付劳动者留存，这是最直接高效的解决方式。

2. 固定证据并主张权利
   若公司拒绝补签，劳动者需立即通过以下方式固定证据：

• 收集能证明劳动合同已变更的间接证据，如工资条、考勤记录、工作安排通知等（需体现变更后的内容，如岗位调整、薪资变动等）；
  
• 保存与公司沟通的书面记录（邮件、微信、短信等），尤其是公司承认变更事实的表述；
  
• 若变更涉及重大权益（如降薪、调岗），可向公司发送书面异议函，明确要求恢复原合同或补签变更合同，并留存送达凭证（如EMS邮寄回执）。

1. 向劳动监察部门投诉或申请仲裁
   若公司仍不配合，劳动者可向当地劳动监察大队投诉（通常需在知道权益被侵害之日起2年内提出），要求公司交付变更后的劳动合同文本；若投诉无果，可直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张公司未交付劳动合同文本的行为违法，并可要求公司承担相应责任（如支付未签书面合同的双倍工资差额，但需注意仲裁时效为1年）。

法律依据与风险提示：
根据《劳动合同法》第16条、第35条，劳动合同经双方签字或盖章后生效，变更需采用书面形式并由双方各执一份。若公司未交付劳动者变更后的合同文本，虽不直接导致变更无效，但劳动者可据此主张公司未履行法定义务，并在争议中因举证困难而处于被动。因此，及时固定证据是关键。

建议行动步骤：

1. 优先与公司协商，明确表达诉求；
   
2. 同步收集证据，避免证据灭失；
   
3. 若协商无果，尽快向劳动监察部门投诉或咨询仲裁流程。
   

如有进一步细节（如变更内容、公司态度等），可向我补充说明，以便更精准地分析风险点。