劳动合同仅由公司持有一份是不合法的，用人单位和劳动者应各执一份劳动合同文本。以下是从不同角度的详细分析：

法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》第十六条的规定：“劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。”这一法律条款明确规定了劳动合同的签订和持有方式，即双方应各持一份合同文本。

合同持有的重要性

1. 保障劳动者权益：劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的重要协议。劳动者持有自己的劳动合同，可以随时查阅合同内容，了解自己的权利义务，确保在劳动关系中不受侵害。
2. 规范用人单位行为：对于用人单位而言，双份持有劳动合同也有助于规范其用工行为，避免因合同条款不明确或缺失而导致的劳动纠纷。

未提供合同的后果

1. 举证困难：如果用人单位未将劳动合同文本交付给劳动者，劳动者在面临工伤认定、工资争议、经济补偿等劳动纠纷时，可能会因缺乏直接证据而面临举证困难，进而影响其合法权益的维护。
2. 法律责任：用人单位违反规定，不向劳动者提供劳动合同文本的，不仅可能受到劳动行政部门的责令改正，还可能因给劳动者造成损害而承担赔偿责任。

实际操作建议

1. 合同签订时：在签订劳动合同时，用人单位应确保合同一式两份，并主动将其中一份交给劳动者留存。劳动者在签订合同时，也有权要求用人单位提供一份给自己。
2. 妥善保管合同：劳动者在收到劳动合同后，应妥善保管，以便在需要时作为维权的重要依据。建议将劳动合同存放在安全、易取的地方，避免遗失或损坏。
3. 主动要求合同：如果入职时用人单位未主动提供劳动合同，劳动者有权并要求用人单位提供。这是劳动者的合法权益，用人单位应当予以配合。
4. 投诉举报：若用人单位拒绝提供劳动合同文本，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报。劳动监察部门有权责令用人单位改正其违法行为，并在必要时对用人单位进行处罚。

举例说明：假设小张在一家公司工作，但公司只保留了一份劳动合同，没有给小张。后来，小张因工资问题与公司发生纠纷，但由于没有劳动合同作为证据，小张在维权过程中遇到了很大困难。如果小张当时坚持要求公司提供一份劳动合同并妥善保管，那么在发生纠纷时，他就可以凭借劳动合同来维护自己的合法权益。

综上所述，劳动合同的一式两份制度是保障劳动者和用人单位双方权益的重要法律制度。双方都应严格遵守这一规定，以确保劳动关系的和谐稳定。如果您在劳动合同方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律帮助。