结论前置：合同中约定“不干满一年扣1000元”的条款，其合法性需根据具体情况判断，但一般情况下，此类条款可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、从劳动合同法的角度分析
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者订立劳动合同时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。同时，劳动合同中不得设定违反法律、行政法规强制性规定的条款。
违约金条款的限制：
- 劳动合同法明确规定，除服务期和竞业限制条款外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。这意味着，如果合同中的“不干满一年扣1000元”条款被视为违约金条款，且不符合服务期或竞业限制的情形，那么该条款是无效的。
工资支付的规定：
- 劳动合同法还规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果合同中的扣款条款导致劳动者实际获得的工资低于最低工资标准或劳动合同约定的工资，那么该条款也是违法的。
二、从合同法的角度分析（若合同非劳动合同）
如果这份合同并非劳动合同，而是其他类型的合同（如服务合同、承揽合同等），那么我们需要从合同法的角度进行分析。
合同自由原则与限制：
- 合同法尊重当事人的合同自由，允许当事人约定合同的内容。但是，这种自由并非无限制的，合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
无效合同条款的情形：
- 如果合同中的“不干满一年扣1000元”条款被认定为违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么该条款是无效的。例如，如果该条款被视为对劳动者自由择业权的限制，且没有合理的商业理由支持，那么该条款可能因违背公序良俗而被认定为无效。
三、实际操作中的建议
审查合同条款：
- 无论是劳动合同还是其他类型的合同，当事人在签订前都应仔细审查合同条款，确保条款内容合法、合规。
协商修改或删除违法条款：
- 如果发现合同中存在违法的扣款条款，当事人应及时与对方协商修改或删除该条款，以避免潜在的法律风险。
寻求法律帮助：
- 如果对合同条款的合法性存在疑问，或者因合同条款产生纠纷，当事人应及时寻求法律帮助，咨询专业律师的意见。
总结与进一步思考：合同中约定“不干满一年扣1000元”的条款，其合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，此类条款可能因违反法律法规的强制性规定而被认定为无效。因此，当事人在签订合同时应谨慎审查条款内容，确保条款合法、合规。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。