在合同纠纷案件中，原告申请鉴定机构时，并不必然需要和对方签订关于鉴定机构选择及价格等问题的协议。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

1. 鉴定机构的选择程序：

   • 在诉讼过程中，当需要对专门性问题进行鉴定时，通常由法院指定或双方当事人协商确定鉴定机构。若双方能够协商一致，则按照协商结果确定鉴定机构；若协商不成，则由法院指定。这一过程中，并不要求双方必须签订书面协议来确认鉴定机构的选择。
   • 鉴定机构的选择主要基于其专业性、权威性和公正性，以确保鉴定结果的客观性和准确性。因此，选择鉴定机构的过程更多关注的是鉴定机构的资质和信誉，而非双方之间的协议。

2. 鉴定费用的承担：

   • 鉴定费用通常由申请鉴定的一方先行垫付，最终根据鉴定结果和案件具体情况由法院判决由哪一方承担。因此，在申请鉴定时，原告并不需要与对方就鉴定费用签订协议。
   • 如果双方对鉴定费用的承担有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么该约定可能对双方具有约束力。但这种情况并不常见，且通常会在合同或其他书面协议中明确约定，而非在申请鉴定时单独签订协议。

3. 实际操作中的建议：

   • 尽管法律并未要求原告在申请鉴定机构时与对方签订协议，但为了避免后续纠纷和误解，双方可以在诉讼过程中就鉴定机构的选择、鉴定费用的承担等问题进行友好协商，并尽可能达成一致意见。
   • 如果双方无法就鉴定机构的选择或鉴定费用的承担等问题达成一致意见，那么应及时向法院说明情况，由法院根据法律规定和案件具体情况作出决定。

4. 法律后果：

   • 如果原告未经对方同意或法院指定，擅自选择鉴定机构并进行鉴定，那么该鉴定结果可能因程序不合法而不被法院采纳。
   • 如果双方就鉴定费用的承担发生争议，且无法协商解决，那么该争议将由法院根据法律规定和案件具体情况进行判决。

总结与建议：在合同纠纷案件中，原告申请鉴定机构时并不需要与对方签订关于鉴定机构选择及价格等问题的协议。但为了避免后续纠纷和误解，建议双方在诉讼过程中就相关问题进行友好协商，并尽可能达成一致意见。如果双方无法协商一致，则应及时向法院说明情况，由法院依法作出决定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。