当申请人对法院委托的鉴定机构报价有异议时，可以按照以下步骤来处理：

一、理解异议性质

首先，需要明确的是，对鉴定机构报价的异议，本质上是对司法鉴定收费管理规定的可能违反的投诉。这并不等同于对司法鉴定意见本身的异议，后者通常需要通过复查、申请司法鉴定协会处理或法律途径来解决。

二、收集证据

在提出异议前，申请人应收集相关证据，包括但不限于：

1. 鉴定机构的报价单或收费通知；
2. 法院委托鉴定时的相关文件，如委托书、鉴定要求等；
3. 如有可能，获取其他类似鉴定服务的市场价格信息，以作为对比参考。

三、向鉴定机构提出异议

申请人可以直接向鉴定机构提出书面异议，说明报价中存在的问题，如报价过高、与市场价格不符、未按照规定的收费标准执行等，并要求鉴定机构进行解释或调整。

四、向司法行政机关投诉

如果鉴定机构未对异议作出合理回应或拒绝调整报价，申请人可以向鉴定机构住所地或司法鉴定人执业机构住所地的县级以上司法行政机关投诉。投诉时，应提交以下材料：

1. 投诉人的身份证明、联系方式；
2. 被投诉的鉴定机构或司法鉴定人的名称或姓名；
3. 投诉事项、投诉请求、相关事实和理由，以及收集到的证据材料；
4. 如有涉及的法律文书，如法院委托书等，也应一并提交。

五、等待处理结果

司法行政机关在收到投诉材料后，会进行审查，并在规定时间内作出是否受理的决定。如果受理，司法行政机关将展开调查，并在规定时间内办结投诉处理，作出投诉答复意见。申请人应耐心等待处理结果，并配合司法行政机关的调查工作。

六、考虑其他法律途径

如果对司法行政机关的处理结果不满意，申请人还可以考虑通过法律途径来解决争议，如提起行政诉讼等。但在此之前，建议咨询专业律师，以评估法律途径的可行性和风险。

七、注意事项

1. 投诉材料应当真实、合法、充分，并经投诉人签名或盖章；
2. 投诉人应保留好所有与投诉相关的证据材料，以备后续使用；
3. 在整个投诉过程中，申请人应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言辞。

综上所述，当申请人对法院委托的鉴定机构报价有异议时，可以通过向鉴定机构提出异议、向司法行政机关投诉以及考虑其他法律途径等方式来维护自己的合法权益。