结论前置：上班去厕所两分钟通常不算违纪，但具体是否构成违纪需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况综合判断。以下从不同角度进行分析：
从公司规章制度的角度：
- 公司规章制度是公司内部管理的依据，如果规章制度中明确规定了员工在工作时间内上厕所的时间限制，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么员工应当遵守。但通常情况下，公司规章制度不会对上厕所这样基本的生理需求做出过于苛刻的限制，尤其是两分钟这样短暂的时间。
- 如果公司规章制度中没有相关规定，或者规定不明确，那么员工上厕所的行为就不应被视为违纪。
从劳动合同的角度：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中没有对员工上厕所的时间做出限制，那么员工在正常工作时间内上厕所就是合理的，不应被视为违纪。
- 即使劳动合同中有相关规定，也需要考虑该规定是否合理、是否侵犯了员工的合法权益。如果规定过于苛刻或不合理，员工有权提出异议或寻求法律援助。
从实际情况的角度：
- 上厕所是人的基本生理需求，员工在工作时间内需要上厕所是正常的。如果因为上厕所两分钟就被视为违纪，这显然是不合理的，也不符合人道主义精神。
- 在实际操作中，公司通常会给予员工一定的合理时间来处理个人事务，包括上厕所。如果公司因为员工上厕所两分钟就进行处罚，可能会引发员工的不满和抵触情绪，不利于公司的管理和团队氛围。
法律建议：
- 如果公司因为员工上厕所两分钟就进行处罚，员工可以先与公司沟通协商，了解处罚的依据和理由。
- 如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在日常工作中，员工也可以注意保留相关证据，如公司规章制度、劳动合同、处罚通知等，以便在需要时提供证明。
可能的法律后果：
- 如果公司规章制度或劳动合同中的规定违反了法律法规的强制性规定，或者侵犯了员工的合法权益，那么这些规定可能是无效的。
- 如果公司因为员工上厕所两分钟就进行处罚，且该处罚缺乏合理依据和法律依据，那么公司可能需要承担相应的法律责任，如撤销处罚、赔偿员工损失等。
总之，上班去厕所两分钟通常不算违纪，但具体还需结合公司规章制度、劳动合同以及实际情况综合判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。