结论：公司让签终止解除劳动合同证明存根三联单，并说明是内部留存，这一行为本身并不直接违法，但关键在于该证明的内容是否真实反映了劳动合同的终止或解除情况，以及公司是否按照法律规定履行了相关义务。以下从多个角度进行分析：

1. 证明文件的性质与目的：

   • 终止解除劳动合同证明存根三联单，通常是公司为了内部管理需要而设计的一种文件格式。它可能包含劳动合同终止或解除的原因、日期、双方签字等关键信息。
   • 公司要求员工签署此类证明，可能是为了确保双方对劳动合同终止或解除的事实达成一致，并作为公司内部记录的一部分。

2. 法律合规性：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同终止或解除时，用人单位应当向劳动者出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
   • 证明文件的内容应当真实、准确，反映劳动合同终止或解除的实际情况。如果公司出具的证明文件内容虚假或误导，可能构成违法行为。
   • 公司要求员工签署三联单并说明是内部留存，并不直接违反法律规定，但前提是该证明文件的内容必须合法、真实，且公司不得以此为由拒绝向员工提供正式的解除或终止劳动合同证明。

3. 员工权益保护：

   • 员工在签署任何文件前，都有权了解文件的内容和目的，并确保自己的权益不受侵害。
   • 如果员工对终止解除劳动合同证明存根三联单的内容有疑问或担忧，可以要求公司进行解释或提供正式的解除或终止劳动合同证明。
   • 员工也有权拒绝签署任何可能损害自己权益的文件，并在必要时寻求法律援助。

4. 实际操作建议：

   • 对于公司而言，应当确保终止解除劳动合同证明存根三联单的内容真实、准确，并明确告知员工该文件的用途和性质。公司不得以此为由规避法律义务或损害员工权益。
   • 对于员工而言，在签署任何文件前，应仔细阅读文件内容，了解自己的权益和义务。如有疑问或担忧，应及时向公司提出并寻求解释或协助。如果认为自己的权益受到侵害，可以依法向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

总结与建议：公司让签终止解除劳动合同证明存根三联单并说明是内部留存，这一行为本身并不违法，但关键在于证明文件的内容是否真实、合法，以及公司是否履行了相关法律义务。作为员工，在签署此类文件前应仔细阅读并了解自己的权益和义务；如有疑问或担忧，应及时向公司提出并寻求解释或协助。如果遇到法律问题或权益受到侵害，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。