针对您提出的“某公司在办公楼6层顶违法建设第7层怎么处罚”的问题，这确实是一个涉及工程建设行政处罚的复杂情况。以下是我根据相关法律法规和典型案例，为您提供的详细解答：

一、违法建设行为的认定

首先，需要明确的是，任何未经规划部门批准，擅自改变建筑结构或增加建筑层数的行为，均构成违法建设。在此案例中，公司在办公楼6层顶违法建设第7层，显然违反了相关规划法规。

二、行政处罚的法律依据

对于违法建设行为，行政处罚的法律依据主要包括《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国建筑法》以及地方性的城乡规划法规等。这些法律法规明确规定了违法建设的处罚种类和幅度，包括责令限期拆除、罚款、没收违法所得等。

三、行政处罚的具体程序

1. 调查取证：

   • 规划部门或城市管理执法部门在发现违法建设行为后，会进行调查取证，包括现场勘查、询问当事人、收集相关证据等。

2. 作出处罚决定：

   • 根据调查结果，规划部门或城市管理执法部门会依法作出处罚决定，明确处罚种类和幅度。对于严重违法建设行为，如影响城市规划、存在安全隐患等，可能会作出责令限期拆除的决定。

3. 送达与执行：

   • 处罚决定书会送达给当事人，并告知其申请行政复议或提起行政诉讼的权利。当事人应在规定期限内履行处罚决定，如逾期不履行，相关部门将依法强制执行。

四、行政处罚的裁量权

在行政处罚过程中，相关部门享有一定的裁量权。这主要体现在根据违法行为的情节轻重程度、后果影响大小等因素，合理划分不同档次违法情形，并明确行政处罚的具体标准。例如，对于初次违法且情节较轻的行为，可能会从轻或减轻处罚；而对于多次违法或情节严重的行为，则可能会从重处罚。

五、典型案例参考

以湖北省发布的规范涉企行政执法典型案例为例，其中一起涉及违法建设的案件中，执法部门在发现违法建设行为后，依法进行了调查取证，并作出了责令限期拆除的决定。同时，该案例也强调了行政处罚程序的合法性和正当性，如未经规划部门认定是否属于无法采取改正措施消除对规划实施的影响，即作出责令限期拆除决定是不符合相关规定的。

六、建议与措施

1. 立即停止违法建设行为：

   • 公司应立即停止在办公楼6层顶的违法建设行为，避免进一步扩大违法后果。

2. 积极配合相关部门调查：

   • 公司应积极配合规划部门或城市管理执法部门的调查取证工作，如实提供相关证据和信息。

3. 依法申请行政复议或提起行政诉讼：

   • 如公司对处罚决定有异议，可依法申请行政复议或提起行政诉讼，维护自身合法权益。

4. 加强内部管理：

   • 公司应加强内部管理，完善相关制度和流程，避免类似违法建设行为再次发生。

综上所述，对于公司在办公楼6层顶违法建设第7层的行为，相关部门将依法进行调查取证，并根据违法行为的情节轻重程度、后果影响大小等因素作出相应的行政处罚决定。公司应积极配合调查工作，并依法维护自身合法权益。