针对公司员工在公司对面空地违章搭建的情况，公司可以采取以下措施进行处理：
立即制止并要求拆除
公司发现员工违章搭建后，应第一时间通过书面或口头形式明确告知员工该行为违反了相关法律法规（如《城乡规划法》《土地管理法》等）及公司规章制度，要求其立即停止搭建行为，并在规定期限内自行拆除违章建筑。若员工拒绝配合，公司可进一步采取法律手段。
向相关部门举报
若员工未在规定期限内拆除违章建筑，公司可向当地城市管理综合执法部门、规划部门或街道办事处等有权机关举报，提供违章搭建的具体位置、照片、视频等证据，请求相关部门依法查处。根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证的违章建筑，相关部门可责令限期拆除；逾期不拆的，可依法强制拆除。
内部纪律处分
若员工的行为同时违反了公司内部规章制度（如《员工手册》中关于“不得利用公司资源或影响从事违法活动”的规定），公司可依据规章制度对员工进行纪律处分，包括警告、记过、降职、解除劳动合同等。需注意，处分前应确保规章制度已通过民主程序制定并公示，且处分程序合法。
追究民事赔偿责任
若违章搭建行为对公司造成损失（如影响公司形象、占用公共资源导致公司利益受损等），公司可要求员工赔偿损失。若员工拒不赔偿，公司可向法院提起民事诉讼，主张侵权责任或违约责任（若员工行为同时违反劳动合同约定）。
防范法律风险
公司需注意自身行为边界，避免在处理过程中侵犯员工合法权益（如非法搜查、限制人身自由等）。若公司曾默许或协助员工搭建，可能面临行政处罚或共同侵权责任，因此需自查是否存在管理疏漏，并及时整改。
建议：公司可结合违章搭建的严重程度、员工态度及公司利益受损情况，选择上述一种或多种措施组合处理。若涉及复杂法律问题（如土地权属争议、规划许可认定等），可进一步向我咨询具体操作方案。