结论：请假不批旷工扣三天工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
公司规章制度的角度
- 合法情形：如果公司的规章制度中明确规定了请假流程，以及旷工的处罚措施，并且这些规章制度是经过民主程序制定、公示或告知劳动者的，那么公司按照规章制度对旷工员工进行扣工资的处罚，是合法的。但需要注意的是，扣除的工资数额应当合理，不能超过法定限度。一般来说，旷工一天扣三天工资的做法可能因扣除过多而被认为不合理，除非公司能证明因员工旷工给公司造成了重大损失，且扣除的工资与损失相当。
- 不合法情形：如果公司的规章制度中没有明确规定旷工的处罚措施，或者规定的内容违反了法律法规的强制性规定（如扣除工资超过法定比例），那么公司以此为由扣除员工三天工资就是不合法的。
法律法规的角度
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”这意味着，即使员工旷工给公司造成了损失，公司扣除工资的数额也受到严格限制，不能随意扣除。
- 另外，如果员工旷工行为并未给公司造成实际损失，或者损失难以量化，那么公司以旷工为由扣除员工工资就缺乏合法依据。
实际操作的角度
- 在实际操作中，公司应当谨慎处理旷工员工的工资扣除问题。首先，公司应当确保规章制度合法有效，并明确规定旷工的处罚措施；其次，公司在扣除员工工资时，应当确保扣除的数额合理且符合法律法规的规定；最后，公司应当保留好相关证据，以备在发生劳动争议时能够证明自己的主张。
建议：
- 对于员工而言，如果认为公司扣除工资的行为不合法，可以先与公司进行协商沟通，寻求解决方案；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，应当完善规章制度，明确请假流程和旷工处罚措施，并确保这些制度合法有效；在处理旷工员工时，应当遵循法律法规的规定，合理扣除工资，并保留好相关证据。
可能后果：
- 如果公司扣除工资的行为被认定为不合法，那么公司可能需要向员工支付被扣除的工资及相应的经济补偿；同时，公司还可能面临劳动监察部门的处罚和声誉损失。
- 如果员工旷工行为给公司造成了实际损失，且公司能够证明这一点，那么员工可能需要承担相应的赔偿责任。但这也需要在法律法规的框架内进行，不能随意扩大赔偿范围或提高赔偿标准。