结论：公司设董事长和总经理时，向上级公司行文的签发人是否可以落总经理，需根据公司的具体治理结构、章程规定以及行文的具体内容来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司治理结构角度：

   • 在许多公司中，董事长是公司的法定代表人，负责公司的整体战略和重大决策，而总经理则负责公司的日常经营管理。从这一角度看，如果行文内容涉及公司的重大决策或战略方向，通常应由董事长签发，以体现公司的正式性和权威性。
   • 如果行文内容主要是关于公司日常经营管理的具体事务，且总经理在职责范围内有权处理这些事务，那么由总经理签发也是合理的。

2. 公司章程规定角度：

   • 公司章程是公司治理的基本法律文件，其中可能明确规定了行文的签发程序和责任人。如果公司章程中明确规定了向上级公司行文的签发人应为董事长或总经理中的某一特定职位，那么应遵循章程的规定。
   • 如果公司章程没有明确规定，或者规定较为模糊，那么公司可以根据实际情况和治理需要，通过内部规章制度或决策程序来确定签发人。

3. 行文内容角度：

   • 行文的内容也是决定签发人的重要因素。如果行文涉及公司的重大事项、合同签署、法律文件等，通常需要由具有更高职位或更广泛授权的人员（如董事长）签发。
   • 如果行文只是关于日常经营管理的报告、通知等，且总经理在职责范围内有权处理这些事务，那么由总经理签发也是可行的。

法律建议：

• 在确定签发人时，公司应首先查阅其章程和内部规章制度，了解是否有关于行文签发的明确规定。
• 如果没有明确规定，公司应根据行文的内容和性质，以及公司的治理结构和实际需要，通过内部决策程序来确定签发人。
• 为了确保行文的合法性和有效性，公司还可以考虑在行文前咨询法律专业人士的意见，以确保行文符合相关法律法规和公司章程的规定。

可能的法律后果：

• 如果公司未按照章程或内部规章制度的规定确定签发人，或者签发人无权处理行文所涉及的事务，可能会导致行文无效或引发法律纠纷。
• 在极端情况下，如果行文涉及公司的重大利益或法律责任，错误的签发人选择甚至可能给公司带来严重的法律后果。

因此，公司在确定向上级公司行文的签发人时，应谨慎考虑并遵循相关法律法规和公司章程的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。