结论：个税显示5000但实发2500是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况分析。一般来说，如果扣除的项目合法且符合规定，那么这种薪资发放情况可能是合法的；但如果扣除的项目不合法或不符合规定，则可能不合法。

分析：

1. 薪资构成与扣除项目：

   • 薪资通常由基本工资、奖金、津贴等构成，而实发工资则是扣除个人所得税、社保、公积金等费用后的金额。
   • 如果个税显示5000元，这通常指的是应纳税所得额或已扣税的金额，而非实际应发工资。实发工资2500元，意味着在应发工资中扣除了大量费用。

2. 合法扣除项目：

   • 根据《中华人民共和国个人所得税法》及相关规定，个人所得税的扣除项目包括基本减除费用（如起征点）、专项扣除（如社保、公积金）、专项附加扣除（如子女教育、继续教育、大病医疗等）以及其他依法确定的扣除项目。
   • 如果扣除的项目均属于上述合法范围，且扣除金额合理，那么实发工资2500元可能是合法的。

3. 非法扣除项目：

   • 如果雇主在薪资中扣除了非法项目，如未经员工同意的罚款、押金、保证金等，或者扣除的金额超过了法定标准，那么这种薪资发放情况就是不合法的。
   • 例如，如果雇主以“培训费”、“管理费”等名义扣除大量费用，而这些费用并不属于法定扣除项目，那么员工有权提出异议并寻求法律援助。

4. 具体案例分析：

   • 假设员工应发工资为5000元，扣除个人所得税、社保、公积金等合法费用后，实发工资为2500元。这种情况下，如果扣除的项目和金额均符合法律规定，那么薪资发放是合法的。
   • 另一种情况是，员工应发工资远高于5000元，但雇主以各种名义扣除了大量费用，导致实发工资仅为2500元。这种情况下，如果扣除的项目不合法或扣除金额过高，那么薪资发放就是不合法的。

建议：

• 如果您对薪资发放情况有疑问，首先应与雇主沟通，了解扣除的具体项目和金额。
• 如果认为扣除的项目不合法或扣除金额过高，您可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如工资条、劳动合同等，以便在需要时提供证明。

可能法律后果：

• 如果雇主存在非法扣除薪资的行为，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
• 员工有权要求雇主补发被非法扣除的薪资，并可能获得相应的经济补偿。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。