结论：工程开工资让工程负责人代发，出现工程纠纷时，施工企业是否负责需分情况讨论，不能一概而论。

详细分析：

1. 代发工资行为的法律性质：

   • 代发工资本身并不直接决定施工企业在工程纠纷中的责任。关键在于代发工资的行为是否符合相关法律法规，以及是否得到了施工企业的明确授权或认可。
   • 如果工程负责人代发工资是施工企业授权或委托的行为，且代发过程中没有违反法律法规或合同约定，那么施工企业通常需要对代发工资的行为承担责任。

2. 工程纠纷的具体类型：

   • 合同纠纷：如果工程纠纷涉及合同违约、合同解释等问题，施工企业的责任将取决于合同的具体条款以及双方的实际履行情况。代发工资的行为本身可能不直接构成合同违约，但如果因代发工资导致合同无法履行或履行不符合约定，施工企业可能需要承担相应责任。
   • 劳动纠纷：如果工程纠纷涉及劳动报酬、工作时间、休息休假等劳动权益问题，且这些权益与代发工资的行为直接相关，那么施工企业作为用人单位，通常需要对劳动纠纷承担责任。即使工资是由工程负责人代发，施工企业也不能因此免除其作为用人单位的法定义务。
   • 其他纠纷：如因代发工资行为引发的侵权纠纷、管理纠纷等，施工企业的责任将取决于具体案情和法律法规的规定。

3. 施工企业的抗辩与免责：

   • 如果施工企业能够证明代发工资的行为是工程负责人个人行为，且未得到施工企业的授权或认可，同时该行为与工程纠纷无直接关联，那么施工企业可能主张免责。
   • 但需要注意的是，施工企业作为用人单位，对工程负责人的行为通常负有一定的管理责任。如果施工企业未能尽到合理的管理义务，导致工程负责人滥用职权或违反法律法规，施工企业可能难以完全免责。

法律建议：

• 完善内部管理：施工企业应建立健全内部管理制度，明确工程负责人的职责和权限，避免工程负责人滥用职权或违反法律法规。
• 明确授权与委托：如果施工企业需要委托工程负责人代发工资或其他事务，应签订明确的授权委托书，并约定双方的权利义务和责任承担方式。
• 及时处理纠纷：一旦发生工程纠纷，施工企业应及时与相关方沟通协商，寻求妥善解决方案。如果无法协商解决，应及时寻求法律途径维护自身权益。

可能后果：

• 如果施工企业被认定需要对工程纠纷承担责任，可能面临赔偿损失、支付违约金、承担诉讼费用等法律后果。
• 如果施工企业能够证明自身无责或免责事由成立，则可能避免或减轻上述法律后果。

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