结论：公司为不同工种员工分别缴纳三险和五险的行为，是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断，主要看是否符合“同工同酬”原则及是否履行了法定缴纳义务。

1. 从“同工同酬”原则看
   根据《劳动法》第四十六条，工资分配应当遵循“同工同酬”原则，即相同或类似岗位、付出相同劳动量的员工，应获得同等劳动报酬。这里的“报酬”不仅指工资，也包含社会保险等福利待遇。

   • 若不同工种员工因岗位性质、劳动强度、技能要求等存在实质差异（如技术岗与普通岗），公司根据实际需求为不同工种设置不同社保方案，可能不违反“同工同酬”原则。
     
   • 若员工实际工作内容、劳动量相同，仅因工种分类不同（如人为划分“正式工”与“临时工”）而区别缴纳社保，则可能涉嫌违反“同工同酬”原则，员工可主张权益。

2. 从法定缴纳义务看
   根据《社会保险法》，用人单位必须为员工缴纳“五险”（养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险），这是法定义务，不可通过协议免除。

   • 若公司仅为部分员工缴纳“三险”（如缺少生育保险或工伤保险），无论工种如何，均属于未依法足额缴纳社保，违反《社会保险法》第五十八条、第六十条，员工可向社保部门投诉，要求公司补缴。
     
   • 若公司已为所有员工缴纳“五险”，但通过补充商业保险等方式为部分工种提供额外福利（如补充医疗险），则属于合法福利行为，不涉及违法。

建议：

• 若您是员工，可先核对公司是否为您缴纳了全部“五险”（可通过社保查询平台或工资条确认）；若未足额缴纳，可与公司协商补缴，或向当地社保局（12333）投诉。
  
• 若您是公司方，需审查社保缴纳方案是否符合“同工同酬”原则，避免因工种分类不当引发纠纷；同时确保所有员工“五险”全覆盖，避免行政处罚风险。
  

如有进一步细节（如具体工种差异、社保缴纳记录等），可随时向我补充说明，我会为您详细分析。