结论：实际工作时间少于合同签订时间时，一般不可以仅按实际工作时间发放工资，但存在特殊情况。具体分析如下：
一、一般情况：应按合同约定支付工资
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订劳动合同后，应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，在正常情况下，即使劳动者的实际工作时间少于合同签订的时间，用人单位也应当按照劳动合同的约定支付工资。这是因为劳动合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力，双方都应当履行各自的义务。
二、特殊情况：可按实际工作时间支付工资
尽管有上述一般规定，但也存在一些特殊情况，使得用人单位可以按照劳动者的实际工作时间支付工资。这些情况主要包括：
双方协商一致：如果用人单位与劳动者在劳动合同履行过程中，就工资支付方式达成了新的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以按照新的协议支付工资。例如，双方可以协商约定，在劳动者因个人原因（如病假、事假等）未能全勤工作时，按照实际工作时间支付工资。
非全日制用工：对于非全日制用工的劳动者，其工资支付方式可以与全日制用工有所不同。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，非全日制用工小时计酬标准不得低于用人单位所在地人民政府规定的最低小时工资标准，且劳动报酬结算支付周期最长不得超过十五日。在这种情况下，如果劳动者的实际工作时间少于合同签订的时间（如按小时计酬的非全日制工作），那么用人单位可以按照实际工作时间支付工资。
用人单位存在过错：如果因用人单位的原因导致劳动者无法正常工作（如用人单位停工、停产等），且该原因并非劳动者的过错所致，那么在这种情况下，用人单位也应当按照劳动合同的约定或者国家规定支付工资。不过，如果双方就工资支付方式有特别约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么也可以按照约定支付。但需要注意的是，这种情况并不等同于“按实际工作时间支付工资”，而是基于用人单位的过错而进行的特殊处理。
三、法律建议
审查劳动合同：用人单位和劳动者都应当仔细审查劳动合同的条款，特别是关于工资支付方式的约定。如果合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方都应当按照约定履行。
及时沟通协商：如果在实际履行过程中出现争议或问题，双方应当及时沟通协商，寻求解决方案。如果无法协商一致，可以寻求劳动争议调解仲裁机构的帮助或者向人民法院提起诉讼。
遵守法律法规：无论是用人单位还是劳动者，都应当遵守国家关于劳动报酬支付的法律法规和政策规定。任何违反法律法规的行为都可能受到法律的制裁和惩罚。
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