结论：员工患有重大疾病且入职时未申报，公司在医疗期内一般不可以解除劳动合同；医疗期满后，若员工不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，公司可以依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金。
一、医疗期内的保护措施
不得解除劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条第三款，员工患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，无论员工入职时是否申报了重大疾病，只要在医疗期内，公司都不能随意解除劳动合同。
- 医疗期的长短根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，范围为三个月至二十四个月。例如，工作满10年以下的，医疗期通常为3-6个月；工作满10年以上的，医疗期可延长至12-24个月。
违法解除的后果：
- 若公司在医疗期内强行终止劳动关系，将构成违法行为。劳动者有权提起劳动仲裁，要求公司支付赔偿金及医疗补助金。赔偿金标准通常为经济补偿标准的二倍，即每满一年支付两个月工资。
二、医疗期满后的处理办法
合法解除条件：
- 医疗期满后，若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
经济补偿金支付：
- 用人单位在解除劳动合同时需支付经济补偿金，按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
三、特殊情况下的辞退规定
过失性辞退：
- 若员工在医疗期内或医疗期满后存在严重违反用人单位规章制度（如旷工、偷窃等）、严重失职给用人单位造成重大损害等法定过错情形，用人单位可依据《劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但需注意，公司需严格举证员工的过错行为。
特殊疾病处理：
- 对于患特殊疾病（如癌症、精神病、瘫痪等）的员工，在24个月内尚不能痊愈的，经企业和劳动主管部门批准，可以适当延长医疗期。这是为了确保员工的合法权益得到充分保障，避免公司因员工患病而随意解除劳动合同。
四、实际操作建议
了解员工病情：
- 公司应与员工保持沟通，了解其病情和治疗进展，以便合理安排工作或调整岗位。
提供必要支持：
- 在员工医疗期内，公司应提供必要的支持，如调整工作岗位、提供灵活的工作安排等，以帮助员工度过难关。
完善规章制度：
- 公司应制定完善的规章制度，明确处理患病员工的流程和标准，避免主观判断和歧视行为。同时，确保规章制度经民主程序制定且内容合法。
咨询专业意见：
- 在处理复杂劳动纠纷时，公司可以咨询专业律师的意见，以确保合规操作并降低法律风险。
示例：假设某员工在公司工作5年，突然患上癌症需要治疗。根据规定，该员工的医疗期可能为6个月。在这6个月内，公司不得解除劳动合同。若6个月后员工仍无法从事原工作或另行安排的工作，公司可以提前30日书面通知或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并支付5个月工资作为经济补偿金。
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