结论：公司要求上洗手间、喝水都要打卡，否则就扣绩效工资，这一做法是否合法需分情况讨论，但多数情况下公司可能涉嫌违法，您申请劳动仲裁有较大可能获胜。以下从不同角度为您详细分析：
一、从公司规章制度合法性角度分析
规章制度制定程序需合法：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司未按照上述程序制定关于上洗手间、喝水打卡并扣绩效工资的规章制度，那么该规章制度在程序上就是违法的，不能作为处罚员工的依据。
规章制度内容需合理：
- 即便公司规章制度制定程序合法，其内容也必须合理。上洗手间、喝水是劳动者正常的生理需求，公司对此进行过于严格的限制，如要求打卡并扣绩效工资，可能被视为不合理。
- 如果公司的规定严重影响了劳动者的正常生活和工作秩序，那么该规定在内容上也是违法的。
二、从扣绩效工资合法性角度分析
扣绩效工资需有合法依据：
- 公司扣绩效工资必须有明确的合法依据，如劳动合同中的约定、公司规章制度中的规定等。
- 如果劳动合同或公司规章制度中并未明确规定上洗手间、喝水不打卡就扣绩效工资，那么公司扣绩效工资的行为就是违法的。
扣绩效工资需合理适度：
- 即便劳动合同或公司规章制度中有相关规定，公司扣绩效工资也必须合理适度。上洗手间、喝水是劳动者的基本权利，公司不能因此过度剥夺劳动者的经济利益。
- 如果公司扣绩效工资的数额过大或方式不合理，可能被视为违法。
三、从劳动仲裁角度分析
劳动仲裁的受理范围：
- 劳动仲裁主要受理因确认劳动关系发生的争议、因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议、因除名、辞退和辞职、离职发生的争议、因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议等。
- 您的情况属于因工作时间、休息休假发生的争议，属于劳动仲裁的受理范围。
劳动仲裁的举证责任：
- 在劳动仲裁中，您需要提供证据证明公司存在要求上洗手间、喝水打卡并扣绩效工资的行为，以及该行为对您造成了损害。
- 公司则需要提供证据证明其规章制度制定程序合法、内容合理，以及扣绩效工资有合法依据且合理适度。
劳动仲裁的可能结果：
- 如果您能提供充分证据证明公司的行为违法，且公司无法提供有效反驳证据，那么劳动仲裁委员会可能会裁决公司支付您被扣的绩效工资，并可能要求公司改正其违法行为。
四、建议
收集证据：
- 您应尽快收集相关证据，如公司规章制度、打卡记录、扣绩效工资的记录等，以证明公司的行为违法。
与公司协商：
- 在申请劳动仲裁前，您可以尝试与公司协商解决此事，如要求公司撤销不合理的规定、支付被扣的绩效工资等。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
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