结论：员工离职时，公司仅赔偿基本工资是否合法，需根据离职的具体情形及相关法律规定来判断，不能一概而论。以下从不同离职情形进行分析：

1. 协商一致解除劳动合同：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十六条，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。在此情形下，双方可以就经济补偿等事项进行协商，并达成一致。
   • 分析：若双方协商一致，且劳动者同意仅接受基本工资作为经济补偿（或无经济补偿，仅结算工资至离职日），则这种做法是合法的。但关键在于双方的协商一致，且不得违反法律的强制性规定。

2. 劳动者单方面解除劳动合同：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在试用期内，劳动者提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。此情形下，劳动者通常无权要求经济补偿，除非用人单位存在过错（如未提供劳动条件、未及时支付劳动报酬等）。
   • 分析：若劳动者单方面解除劳动合同，且用人单位不存在过错，则用人单位仅需支付劳动者工作期间的工资，无需额外赔偿基本工资或提供其他经济补偿。

3. 用人单位单方面解除劳动合同：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在特定情形下（如劳动者严重违反规章制度、严重失职造成重大损害等）可以单方面解除劳动合同，且通常无需支付经济补偿。但在某些情形下（如经济性裁员、劳动合同到期不续签等），用人单位需支付经济补偿。
   • 经济补偿计算：经济补偿通常按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，而非仅指基本工资。
   • 分析：若用人单位单方面解除劳动合同且需支付经济补偿，则仅赔偿基本工资可能不合法，因为经济补偿的计算应基于劳动者的平均工资，包括基本工资、奖金、津贴等所有货币性收入。

4. 违法解除劳动合同：

   • 法律背景：若用人单位违法解除劳动合同，根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十七条，用人单位应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
   • 分析：在此情形下，用人单位不仅需支付经济补偿，还需支付赔偿金，且赔偿金的计算同样基于劳动者的平均工资。因此，仅赔偿基本工资显然不合法。

建议：

• 对于劳动者而言，若对离职时的经济补偿有疑问或不满，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确经济补偿的计算方式和标准。
• 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，应严格遵守相关法律法规，确保在解除劳动合同时依法支付经济补偿或赔偿金，避免引发劳动争议和法律风险。

可能后果：

• 若用人单位未依法支付经济补偿或赔偿金，劳动者有权要求用人单位补足差额，并可能获得额外的赔偿或补偿。
• 用人单位还可能面临劳动监察部门的处罚或劳动仲裁机构的裁决，影响企业的声誉和正常运营。