结论前置：收取协议费和入职费是否违法，需根据具体情况判断，一般来说，用人单位在招聘过程中以任何名义收取费用，如协议费、入职费、培训费、押金等，均可能涉嫌违法。以下从不同角度详细分析：
一、法律背景与规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条的规定：“用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。”这一条款明确禁止了用人单位在招聘过程中以任何名义向劳动者收取费用的行为。
二、具体情形分析
协议费：
- 如果协议费是用人单位以签订某种协议为名，要求劳动者支付的费用，且该协议并非基于双方平等自愿、协商一致的原则签订，或者协议内容违反了法律法规的强制性规定，那么这种收取协议费的行为很可能涉嫌违法。
- 例如，用人单位要求劳动者支付“保密协议费”或“竞业限制协议费”，但并未在协议中明确约定具体的保密义务或竞业限制条款，或者约定的条款明显不合理，那么这种行为就可能构成违法。
入职费：
- 入职费通常被视为用人单位在招聘过程中要求劳动者支付的一种费用，用于“办理入职手续”或“购买工作用品”等。然而，根据《劳动合同法》的规定，这种费用是不应由劳动者承担的。
- 用人单位应自行承担招聘过程中的相关费用，包括但不限于面试费用、体检费用、办理入职手续的费用等。将这些费用转嫁给劳动者，显然违反了法律法规的规定。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位违反了《劳动合同法》的规定，向劳动者收取了协议费或入职费，劳动者有权要求用人单位退还这些费用。
- 同时，劳动者还可以向当地劳动行政部门投诉，由劳动行政部门责令用人单位改正，并可能处以罚款等行政处罚。
建议：
- 劳动者：在遇到用人单位要求支付协议费或入职费时，应坚决拒绝，并保留好相关证据（如聊天记录、转账记录等），以便在必要时维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守法律法规的规定，不得在招聘过程中以任何名义向劳动者收取费用。同时，应加强内部管理，完善招聘流程，确保招聘活动的合法性和合规性。
四、特殊情况说明
虽然一般情况下用人单位不得收取协议费和入职费，但在某些特殊情况下，如劳动者自愿参加用人单位提供的付费培训课程，并签订了相关的培训协议，那么劳动者可能需要支付一定的培训费用。然而，这种情况下的费用支付是基于双方平等自愿、协商一致的原则进行的，且培训协议的内容应合法合规，不得违反法律法规的强制性规定。
总结：收取协议费和入职费在大多数情况下是违法的，用人单位应严格遵守法律法规的规定，不得在招聘过程中以任何名义向劳动者收取费用。劳动者在遇到此类情况时，应坚决拒绝并保留好相关证据，以便在必要时维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。