合作合同收取入职费是否合法，需根据具体情况来判断。

首先，我们要明确“入职费”的性质。入职费通常指的是在员工入职时，由雇主或第三方机构向员工收取的一笔费用。这笔费用的合法性，主要取决于其是否违反了相关法律法规，以及合同中的约定。

1. 若入职费违反了相关法律法规：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，雇主在招聘员工时，不得向员工收取任何形式的押金、保证金或入职费等费用。这是为了保护员工的合法权益，防止雇主利用招聘之机进行不正当收费。
   • 因此，如果合作合同中约定的入职费违反了上述法律法规，那么该入职费就是不合法的。员工有权拒绝支付，并可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

2. 若入职费符合法律法规，但合同未明确约定：

   • 如果法律法规并未明确禁止收取入职费，但合作合同中并未明确约定收取入职费的相关条款，那么雇主或第三方机构在收取入职费时，就存在法律风险。
   • 在这种情况下，员工可以质疑入职费的合法性，并要求雇主或第三方机构提供明确的法律依据或合同依据。如果无法提供，员工有权拒绝支付。

3. 若入职费符合法律法规，且合同有明确约定：

   • 如果合作合同中明确约定了收取入职费的相关条款，并且该条款符合法律法规的规定，那么雇主或第三方机构在收取入职费时，就是合法的。
   • 但即便如此，员工在支付入职费前，也应仔细阅读合同条款，确保自己充分理解并同意该条款的内容。

综上所述，合作合同收取入职费的合法性，需要根据具体情况来判断。如果入职费违反了相关法律法规或合同中的约定，那么该入职费就是不合法的。因此，在签订合作合同时，双方应明确约定入职费的相关条款，并确保其符合法律法规的规定。如有任何疑问或争议，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。