结论是：知道公司侵害了自己的权益后仍然工作好几年了，在符合法定条件的情况下，您仍然有权维权。以下从不同角度为您详细分析：
一、诉讼时效角度
一般诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这意味着，从您知道或应当知道权益被侵害之日起，您有三年的时间来提起诉讼。
- 如果在这三年内，您没有向公司主张权利，也没有通过其他方式中断诉讼时效（如提起诉讼、申请仲裁等），那么三年后，公司可能会以诉讼时效已过为由进行抗辩，导致您可能失去胜诉权。
诉讼时效中断与延长：
- 中断：如果您在诉讼时效期间内，向公司提出了权利主张（如书面索赔、协商等），或者公司承认了您的权益，那么诉讼时效会从中断时起重新计算三年。
- 延长：在特殊情况下，如您因不可抗力或其他正当理由无法在诉讼时效期间内提起诉讼，法院可以根据您的申请延长诉讼时效期间。
最长保护期限：
- 根据《民法典》第一百八十八条，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是最长诉讼时效期间，无论您是否知道权益被侵害，超过这个期限，法院将不再保护您的权利。
二、维权途径角度
协商与调解：
- 在发现权益被侵害后，您可以首先尝试与公司进行协商，寻求和解。如果协商无果，您可以寻求第三方调解机构的帮助，如劳动争议调解委员会等。
劳动仲裁：
- 如果协商与调解均无法解决问题，您可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的前置程序，其裁决具有法律效力。
诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满，或者公司拒绝履行仲裁裁决，您可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据证明公司侵害了您的权益。
三、实际操作建议
收集证据：
- 在维权过程中，证据是关键。您需要收集能够证明公司侵害您权益的证据，如劳动合同、工资单、工作记录、公司规章制度等。
及时行动：
- 尽管您已经工作了好几年，但一旦发现权益被侵害，应尽快采取行动。不要拖延时间，以免错过诉讼时效或失去其他维权机会。
寻求专业帮助：
- 维权过程可能复杂且耗时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以为您提供法律咨询、代理诉讼等服务，提高您的维权效率。
举例说明：假设您在五年前发现公司未按照劳动合同约定支付加班费，但您当时并未采取行动。现在，您仍然可以收集相关证据（如加班记录、工资单等），并向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁结果对您有利，但公司拒绝履行，您还可以向人民法院提起诉讼。当然，在这个过程中，您需要关注诉讼时效问题，并尽可能提供证据证明诉讼时效的中断或延长。
最后提醒：维权是一个复杂且需要耐心的过程。如果您在维权过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将竭诚为您提供法律支持。