结论：端午节放假公司单休只放两天是否合法，需结合公司的具体工时制度以及国家法定节假日的规定来判断。

分析：

1. 国家法定节假日规定：

   • 端午节是我国的法定节假日，根据《全国年节及纪念日放假办法》的规定，端午节通常放假1天（农历端午当日）。若遇周末，则通常会进行调休，形成连续的假期。但具体的放假安排，如是否调休、调休几天，会由国务院办公厅提前发布通知进行明确。

2. 公司工时制度：

   • 标准工时制：在标准工时制下，员工每周工作不超过40小时，每周至少休息1天。若端午节当天是工作日，公司应安排放假；若端午节当天是周末，且公司未进行调休，则员工本就享有休息权，公司无需额外安排放假。但若公司因生产经营需要，在端午节期间安排员工加班，则需按照法律规定支付加班费。
   • 不定时工作制或综合计算工时工作制：对于实行不定时工作制或综合计算工时工作制的员工，其工作时间和休息时间由公司根据实际情况安排，但需确保员工平均每周工作时间不超过40小时，且每周至少休息1天。在此类工时制度下，公司对于端午节的放假安排可能更加灵活，但仍需遵守国家关于法定节假日和加班费支付的相关规定。

3. 公司单休只放两天的情况：

   • 若公司实行的是标准工时制，且端午节当天是工作日，公司只放两天假（其中一天为端午节当天，另一天为周末或调休日），则这种安排可能不合法，因为公司未确保员工每周至少休息1天（若端午节当天已计入周末休息日，则另当别论）。但若公司因生产经营需要，在端午节期间安排员工加班，并已按照法律规定支付了加班费，则这种安排可能是合法的。
   • 若公司实行的是不定时工作制或综合计算工时工作制，且已确保员工平均每周工作时间不超过40小时，且每周至少休息1天，则公司对于端午节的放假安排可能更加灵活，包括单休只放两天的情况。但同样，若公司安排员工在端午节期间加班，需按照法律规定支付加班费。

建议：

• 员工角度：若您认为公司的放假安排不合法，可先与公司进行沟通协商，了解公司的具体工时制度和放假安排依据。若协商无果，您可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 公司角度：公司应严格遵守国家关于法定节假日和工时制度的相关规定，合理安排员工的放假和加班时间。若因生产经营需要安排员工加班，需按照法律规定支付加班费，避免引发劳动纠纷。

额外提醒：

• 具体的放假安排可能因地区、行业、公司政策等因素而有所不同，建议您在了解公司具体政策的同时，也关注当地政府或劳动监察部门发布的最新通知和规定。
• 若您对公司的放假安排有疑问或不满，可直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。