签证单只有施工单位签字而没有其他单位签章，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合同约定角度：
- 如果建设工程合同中明确规定了签证单需要哪些单位签章才具有效力，那么必须严格按照合同约定执行。例如，合同可能规定签证单需施工单位、监理单位、建设单位三方共同签章才有效。在这种情况下，仅施工单位签字而缺少其他单位签章的签证单，将不符合合同约定，可能被视为无效。
法律规定角度：
- 在没有具体合同约定的情况下，我们需要参考相关法律法规。一般来说，法律法规并未直接规定签证单必须有哪些单位签章才有效。但是，签证单作为工程变更、价款调整等事项的书面确认文件，其效力往往与签章单位的职责和权限相关。例如，监理单位作为建设单位的代表，对工程质量、进度等进行监督，其签章可能被视为对签证单内容的认可；建设单位作为工程的发包方，其签章则可能被视为对签证单内容的最终确认。
实际履行与交易习惯角度：
- 除了合同约定和法律规定外，实际履行情况和交易习惯也是判断签证单有效性的重要因素。如果在实际工程中，各方一直按照仅施工单位签字的方式处理签证单，且没有因此产生争议或纠纷，那么可以认为这种做法已经形成了交易习惯，签证单在这种情况下可能被视为有效。但是，这种有效性是相对的，一旦发生争议，仍可能需要根据合同约定和法律规定进行判断。
建议与风险防范：
- 为了避免因签证单签章问题引发的争议和纠纷，建议各方在签订建设工程合同时，明确规定签证单的签章要求和流程。同时，在实际工程中，各方应严格按照合同约定执行，确保签证单的签章完整、有效。如果确实存在特殊情况需要变更签章要求或流程，应及时与各方协商并达成书面协议。
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